組み合わせ論は、異なるサブユニットY個で構成された長さNの複合物の数はYNに等しく、それぞれのYN複合物をY回のNステップで合成できるとしています。この理論をゲノムに適用すると、4つのヌクレオチド（A、C、T、G）を使って25 merのプローブを作成し、10-15前後のプローブを25ステップx4回または100ステップで合成できることになります。この方法により、31億のヒトゲノムベースすべての検査が可能なアレイを含む、事実上あらゆるサイズのアレイを100ステップ以下で作製できます。必要な合成ステップが比較的少ないため、製造過程での品質管理によって各ステップを正確に実行することができます。

プローブセルサイズの縮小により、同じ大きさの表面により多くのプローブを搭載でき、各アレイの遺伝子処理力が向上します。たとえば、1994年に最初に製品として出荷されたGeneChip製品のプローブセルサイズは100ミクロンでした。2005年までにはプローブサイズが5μmに縮小され、各アレイのプローブ密度は400倍を以上になりました。しかし、マイクロアレイテクノロジーには、さらなる発展の余地が十分にあります。半導体製造では、サブミクロンのリソグラフィー製造法が日常的に使われ、同サイズのアレイの密度と容量の向上が可能になっています。また、マイクロプロセッサ産業で顕著であるように、従来と変わらない高い柔軟性を備えた「パワー」チップが実現しています。