Affymetrix® Expression Console™ Software

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Affymetrix® Expression Console™ Software

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Expression Console™ソフトウェアは、3' 発現（GeneChip® Human Genome U133 Plus 2.0 Arrayなど）、Gene array（GeneChip® Human Gene 1.0 ST Arrayなど）、Exson array（GeneChip® Human Exon 1.0 ST Arrayなど）の、プローブセットサマリーとCHPファイル生成をサポートします。 Expression Consoleのワークフローでは、広く使用されているプローブセットのサマリー作成アルゴリズムを選択することができます。アルゴリズムには次のものが含まれます。

MAS5統計アルゴリズム
Probe Logarithmic Intensity Error Estimation (PLIER)
Robust Multichip Analysis (RMA)

さらに、GeneChipデータQCはワークフローの重要要素であり、Expression Console™ソフトウェアが提供するさまざまな視覚化ツールやグラフツールで強化されています。

Expression Console™ソフトウェアは解析ワークフローの使用が簡単で、各アレイタイプに合わせた標準的アプローチで、新規ユーザーにも容易にCELファイルからCHPファイルを生成することができます。または、熟練ユーザーならば個々の実験研究ニーズに合わせて、バックグラウンド修正や正規化、アルゴリズムなどの設定を変更することができます。

ダウンロード情報と手順

Expression Console™ Software のダウンロード (zip, 40 MB) * Posted on 10/24/07

Expression Console™ リリースノート(pdf, 40 KB)

Expression Console™ソフトウェアとの互換性があるソフトウェア

GeneChip® Command Console® （AGCC）ソフトウェアは最新のプローブセットサマリーツールです。 Expression Console™とAGCCソフトウェアの統合により、AGCCインターフェースで収集されたサンプル属性情報をExpression Consoleスタディウィンドウで表示させて、ユーザーの解析やQC解釈のガイドとすることができます。
GeneChip® Operating Software (GCOS) 1世代前のプローブセットサマリー計算ツールで、以前の研究との厳密な比較が必要な場合などに選択することも可能です。最新版であるAGCCでは、GCOSで使用できない新しい解析やQCツールなど、幅広い選択肢を提供します。（注：PLIERまたはRMAサマリー作成アルゴリズムを使用してExpression Consoleで作成されたCHPファイルは、GCOSデータベースではサポートされません。）

Affymetrix® Expression Console™ソフトウェアは、各プローブセットの発現量を算出することに特化したソフトウェアです。
発現結果の統計的フィルタリングや遺伝子リスト作成のための二次的解析パッケージに代わるものではございませんので、必要に応じて２次解析のためのパッケージをご用意ください。 GeneChipデータの２次解析に適したソリューションは、GeneChip-compatible™ Software認証を取得しています。詳しくはGeneChip-compatible™ Software Solutions カタログを参照してください。