Affymetrix® GeneChip® Command Console® Software (AGCC)

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Affymetrix® GeneChip® Command Console® Software(AGCC) は、GeneChipシステム用の最新世代の機器制御ソフトウェアです。GeneChipプローブアレイの処理に用いる、機器制御とデータ管理のための操作しやすい一連のツールを提供するものです。AGCCは、プローブセルの強度データをまとめ（CELファイルの作成）、サンプルとアレイの登録、データ管理、fluidicsとスキャナーの制御、さらに自動および手動でのイメージグリディングを可能にします。これらの中心機能以外にも、AGCCによる柔軟なプラットフォームにより、多様な実験情報管理システムに合わせ、カスタマイズされ自動化された、集約的ワークフローが可能となります。プローブレベルでの解析結果（CHP）ファイルは、他のアフィメトリクス社のソフトウェア・アプリケーションで作成されます。

さらにAGCCは、Affymetrix Expression ConsoleTM やGenotyping ConsoleTM といったダウンストリームの一次解析アプリケーションを用いたスムーズなデータ統合を可能にすることで、アフィメトリクス社の解析全般をサポートします。サンプル属性およびアレイデータは、30以上ある市販のGeneChip-compatibleTM  アプリケーションのいずれにも直接取り込むことができ、研究者や医師の皆様は、多様な解析法の中から自由に選択していただけます。GeneChip-compatible な解析アプリケーション内では、サンプル属性とアレイデータがライブラリーファイルおよびNetAffxアノテーションの自動化ダウンロード情報と統合されます。このために、他のマイクロアレイプラットフォームにはない、データ解析の流れるようなワークフローが可能なのです。

ダウンロード情報とダウンロード方法

Command Console Software 3.1.1 (zip, 418 MB) 

Command Console Software Update for GCS3000 (zip, 2.38MB)

GCS3000 Verification Tool 1.0. 1 (zip, 2.82 MB)

システムコントロール用ワークステーションへのAGCCインストールは、弊社のスタッフが実施いたします。GCOSからAGCCへの切り替えをご希望のお客様は、弊社テクニカルサポートまでご連絡ください。

＜連絡先＞

TEL:03-6430-4030  E-mail：supportjapan@affymetrix.com

また、GCOS Serverをご使用のお客様の切り替えにつきましては、お客様ごとの環境にあわせたサポートを実施いたします。別途弊社よりご連絡させていただきます。

AGCCの特長

  • 多岐にわたるアプリケーションに対応するため、AGCCは装置の制御と画像データの数値化（CELファイル生成）までに特化しました。CELファイル以降の解析は、Affymetrixがご提供しているソフトウェアや、公共や市販のソフトウェアをご使用ください。
  • データ格納にデータベースを利用せず、すべてファイル形式で管理しているため、データの管理、移動、バックアップ、共有などが非常に簡便になります。ファイル名の変更等も容易です。
  • データの格納場所を自由に、複数箇所設定することが可能になり、保存フォルダの容量を気にする必要がなくなりました。
  • 標準でネットワーク上にてデータの共有が可能になりました。同一のネットワークフォルダに複数のシステムのデータを共有することも可能です。
  • AGCC1.1とGCOS（ver1.3,1.4）は同じコンピュータ上にインストールすることが可能です。必要なときはGCOSの環境に戻すことも容易です。（GCOS Serverは除く）
  • セキュリティはWindows標準の機能を使用して行いますので、Windowsの設定により、柔軟に運用することが可能です。

AGCCのご使用に関する注意点

  • AGCCとGCOSではDAT,CELなど、同じ名前の拡張子のものも含めてファイルに互換性がありません。データ移行の際はAGCCとともに提供されるツールにてコンバートしていただく必要があります。
  • GCOSファイルと互換性が無いため、サードパーティー製のソフトウェアを利用されている場合やお客様において作成されているプログラムをご使用されている場合は、対応状況により使用できない場合があります。ソフトウェアメーカーに対応状況をご確認ください。
  • AADM（Publish DB）には対応しておりませんので、AADMを使用されている場合はご注意ください。
  • グリッディングのアルゴリズムが変更されています。この変更による解析結果への影響については、こちらのWhite Paper をご参照ください。

    対応機器

    今回発売されるAGCCは、次の機器に対応します。

    • GeneTitanTM 
    • Fluidics Station 450
    • GeneChip Scanner 3000
    • すべての研究用モデルに対応します。ただし、Target Genotyping システムおよびGCS3000Dxには対応しません。

    対応アレイ

    今回発売されるAGCCは、リシークエンシングおよびTarget Genotyping 解析用アレイを除く、すべてのカートリッジタイプのアレイに対応します。

    • カートリッジタイプのリシークエンシング解析用アレイおよびプレートタイプのアレイは、今後リリースされるAGCCで対応する予定です。

    追加情報

    • AGCCのテクノロジーに関するWebセミナーのアーカイブや、Fusion SDK（GCOSとAGCCの両方に互換）のソースコードを含む情報は、Affymetrix. Develper's NetworkのWebページにて公開されています。ソフトウェア開発者向けのAGCCとの統合についての情報はこちら から。
    • AGCC ソフトウェアユーザー向け資料はこちら から。
    • AGCCの紹介はAffymetrix Learning Center から。

    関連製品

    Affymetrix® Genotyping Console Software
    Affymetrix® Expression Console™ Software
    Affymetrix Software Products
    GeneChip-compatible™ Software
    Affymetrix Tools - Developed internally at Affymetrix

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