Whole-Transcript Gene Expression &
Alternative Splicing

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正確かつ精密に、遺伝子発現の全体像を見ましょう

アフィメトリクスGeneChip® Exon ArrayとGene Arrayでは、遺伝子の3' 末端だけでなく全長を調べることによって、既存の3'末端の発現アレイよりも完全で正確な、遺伝子発現の全体像を得ることができます。Exon 1.0 ST ArrayとGene 1.0 ST Arrayでは、偏りのない全転写アッセイにより、さまざまな転写産物アイソフォームを区別することができ、3’ だけの偏ったアプローチでは見過ごしていた転写産物を検出することができます。

See the real biology

真の生物学は、遺伝子レベルではなく転写レベルから始まります。
全転写発現解析と選択的スプライシング解析なら、Exon 1.0 STアレイ

With approximately four probes per exon and roughly 40 probes per gene, the GeneChip® Exon 1.0 ST Array is the most powerful and comprehensive expression array on the market. Exon array enables unbiased measurement across the length of the gene allowing you to detect transcripts that would be missed with 3' arrays. Detect exon- and gene-level expression and alternative splicing events from single experiment.
With approximately four probes per exon and roughly 40 probes per gene, the GeneChip® Exon 1.0 ST Array is the most powerful and comprehensive expression array on the market. Exon array enables unbiased measurement across the length of the gene allowing you to detect transcripts that would be missed with 3' arrays. Detect exon- and gene-level expression and alternative splicing events from single experiment.
図 1
With approximately four probes per exon and roughly 40 probes per gene, the GeneChip® Exon 1.0 ST Array is the most powerful and comprehensive expression array on the market. Exon array enables unbiased measurement across the length of the gene allowing you to detect transcripts that would be missed with 3' arrays. Detect exon- and gene-level expression and alternative splicing events from single experiment.
With approximately four probes per exon and roughly 40 probes per gene, the GeneChip® Exon 1.0 ST Array is the most powerful and comprehensive expression array on the market. Exon array enables unbiased measurement across the length of the gene allowing you to detect transcripts that would be missed with 3' arrays. Detect exon- and gene-level expression and alternative splicing events from single experiment.

GeneChip® Exon Arrayはゲノムを最も包括的にカバーし、遺伝子発現と選択的スプライシングという2つの相補的な遺伝子解析が可能です。 エクソン当たり複数のプローブがあるため「エクソンレベル」の解析ができ、これにより遺伝子のアイソフォームを区別することができます。 全ゲノムのスケールでエクソンレベルの解析を行うということは、疾患のメカニズムや原因に中心的な役割を果たしている可能性がある選択的スプライシングを具体的に検出するための扉が開いた、ということです。また「遺伝子レベル」の解析を行うこともでき、そこではさまざまなエクソンにある複数のプローブが、同じ遺伝子の全転写産物の単一発現値にまとめられるため、3’ ベースの遺伝子発現と同じような解析ワークフローが可能となります。

See the whole gene

3'末端からだけでなく、遺伝子全体を用いて発現を調べる
全転写発現： Gene 1.0 ST Array

The Gene 1.0 ST Array System offers a powerful solution for whole-genome, whole-transcript expression analysis for human, mouse and rat. Each of the well-annotated genes is represented by approximately 26 probes spread across the full length of the gene, providing a more complete and accurate picture of gene expression than 3'-based expression array designs.
The Gene 1.0 ST Array System offers a powerful solution for whole-genome, whole-transcript expression analysis for human, mouse and rat. Each of the well-annotated genes is represented by approximately 26 probes spread across the full length of the gene, providing a more complete and accurate picture of gene expression than 3'-based expression array designs.
図 2
The Gene 1.0 ST Array System offers a powerful solution for whole-genome, whole-transcript expression analysis for human, mouse and rat. Each of the well-annotated genes is represented by approximately 26 probes spread across the full length of the gene, providing a more complete and accurate picture of gene expression than 3'-based expression array designs.
The Gene 1.0 ST Array System offers a powerful solution for whole-genome, whole-transcript expression analysis for human, mouse and rat. Each of the well-annotated genes is represented by approximately 26 probes spread across the full length of the gene, providing a more complete and accurate picture of gene expression than 3'-based expression array designs.

Gene 1.0 ST Array Systemは、ヒト・マウス・ラットの全ゲノム、全転写発現解析を行うコスト効率の高いソリューションを提供します。十分にアノテーションされた遺伝子それぞれについて、1遺伝子全長にわたって約26のプローブを配置することで、3'末端の従来の発現アレイデザインよりも完全で正確な、遺伝子発現の全体像を得ることができます。 全26のプローブは自動的に、遺伝子当たり1つの発現値にまとめられます。つまり、標準の解析ソフトウェアパッケージを使い、単純な解析ワークフローでデータ解析を行うことができます。新規のマイクロアレイユーザーにとっては、Gene 1.0 ST Arrayは最も高度かつコスト効率の良い遺伝子発現プロファイリングオプションです。

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ヒト・マウス・ラット用のGeneChip® Exon 1.0 ST Array System

Exon 1.0 ST Array Systemは、全ゲノム上の遺伝子レベルの発現と選択的スプライシング研究を可能にするソリューションです。GeneChip® Exon Arrayはゲノムを最も包括的にカバーし、実験的に確認されている転写配列と予測される転写配列を含んでおり、これまで定義されていなかった新しい現象を発見することができます。

ヒト・マウス・ラット用のGeneChip® Gene 1.0 ST Array System

Gene 1.0 ST Array Systemは、既知の遺伝子について全ゲノムで遺伝子レベルの発現研究を可能にする、遺伝子発現解析のソリューションの一部です。アレイには、十分にアノテーションされた遺伝子の最新コンテンツが含まれ、データはシンプルなワークフローで解析することが可能です。

アフィメトリクスExpression Console™ソフトウェア

Expression Console™ software はGeneChip® 3' 発現アレイやGeneChip® Gene Array、GeneChip® Exon Arrayのプローブセットサマリー作成とCHPファイル生成をサポートします。Expression Consoleワークフローでは、広く使用されているプローブセットのサマリー作成アルゴリズムを選択することができます。

アルゴリズムには次のものが含まれます。

  • MAS5統計アルゴリズム
  • PLIER（Probe Logarithmic Intensity Error Estimation）
  • RMA（Robust Multichip Analysis）

GeneChip-Compatible™ソフトウェア

高度な二次解析用には、遺伝子レベル解析とエクソンレベル解析の両方に、GeneChip-Compatible™ソフトウェアパッケージがいくつか用意されています。

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Exon-level integration of proteomics and microarray data

Presented by Crispin Miller, Ph.D., Paterson Institute for Cancer Research, Manchester, UK

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Affymetrix Exon Arrays Reveal Complexity of the Human Transcriptome

Read Press Release >

Discovery of Novel Splice Variations Improves Glial Tumor Classification

Erasmus Medical Center's Pim French and Justine Peeters talk with Noam Shomron at MIT about using exon arrays to study alternative splicing in glioma

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Researchers Develop Improved Molecular Classification System for Rare Childhood Cancer

Dr. Timothy Triche of Childrens Hospital Los Angeles talks about using gene expression profiles to provide safer, more effective treatments

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Demonstration of Partek Genomics Suite™ for the Analysis of GeneChip® Exon Arrays

Tom Downey, President and Data Analysis Consultant at Partek®, Inc.

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Demonstration of Biotique Systems' XRAY for the Analysis of GeneChip® Exon Arrays

Presented by Biotique Systems' John Burke

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Publications and References:

Publications and References for Affymetrix® GeneChip® Exon Arrays

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