ChIP-on-Chip
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図 1
クロマチン免疫沈降とアフィメトリクスの高密度タイリングアレイ（ChIP-on-chip）を組み合わせると、転写因子結合部位や、ヒストン修飾、DNAメチル化、その他の調整エレメントの部位を特定するためのパワフルな手法となります。High-density GeneChip® Tiling Arrayは、他に類のないゲノムカバー率が得られ、他のプラットフォームでは見過ごされるような機能エレメントも検出することができます。
少ないアレイ数で幅広いカバー範囲
エピジェネティクスや遺伝子制御研究で最高の成果が得られます。 アレイ当たり640万のプローブと、全ゲノムにわたり35塩基対（bp）間隔での25-merプローブにより、GeneChip® Tiling Arrayは最小のアレイ数で全ゲノムを偏りなく完全にカバーします。 ヒトとマウスについては全ゲノムセットがあり、またArabidopsis、Drosophila、Caenorhabditis elegans、Saccharomyces cerevisiae、Schizosaccharomyces pombe については1アレイのデザインされており、少ないアレイ数で、より多くのデータを得ることが可能です。またヒト染色体21/22番、ENCODE領域についても1アレイで設計されています。
最先端の遺伝子制御解析にパワフルなソリューション
詳細なプロトコル、確かな試薬ラインアップ、業界標準のアレイ、さまざまな総合データと解析ソリューションを備えたアフィメトリクスのChIP-on-chipツールボックスは、免疫沈降の前段階から論文出版まで、研究全体をサポートします。Preliminaryなデータ解析とピークの視覚化には、Tiling Array Software（TAS）とIntegrated Genome Browser（IGB）をご提供しています。さらなる二次解析には、複数のGeneChip-compatible™またはアカデミック ソフトウェアパッケージで行うことができます。
注目の製品
GeneChip® Tiling Arrays for ChIP-on-chip
GeneChip® Tiling Arrays for ChIP-on-chipでは、転位因子結合部位やDNAメチル化、ヒストン修飾などのゲノムの機能エレメントの発見や同定が可能となります。25merのプローブを、約35bp間隔でタイル状に敷きつめ、1アレイ当たり640万搭載されています。GeneChip Tiling Arrayはあらゆるプラットフォームでアレイ当たり最大の含量を提供します。
全ゲノムをカバー
- Human Tiling 2.0R Array Set*
- Mouse Tiling 2.0R Array Set*
- Drosophila 2.0R Array
- Arabidopsis Tiling 1.0R Array
- C. elegans 1.0R Array
- S. pombe Tiling 1.0FR Array
- S. cerevisiae Tiling 1.0R Array
**全ゲノムを構成する各アレイ単品での購入も可能です。
プロモーターとフォーカス含量
タイリングアレイツール
Preliminaryなデータ解析とピークの視覚化には、Tiling Array Software (TAS) と Integrated Genome Browser (IGB) をご提供しています。さらなる二次解析は、さまざまなGeneChip-compatible™およびアカデミック ソフトウェアパッケージで行うことができます。
ウェブセミナー&インタビュー
GenomatixのChipInspectorを使用したChIP解析： 生物学的アプローチ
Martin Seifert, Ph.D.（Genomatix Microarray Researchバイスプレジデント）氏による講演とQ&A
アフィメトリクスGenome Tiling Microarrayを使用したChIP-on-chipデータの解析
X. Shirley Liu, Ph.D.（ハーバード大学公衆衛生学部Dana-Farber癌研究所助教授）氏による講演とQ&A
アフィメトリクスTiling Arrayを使用したChIP-on-chip制御研究のためのPartek® GSデモ
Tom Downey, M.Sc.（Partek社長およびデータ解析コンサルタント）氏の講演とQ&A
Genpathway/アフィメトリクスによるChIP-on-chipおよびメチル化DNA IP-on-chipアッセイのトータルソリューション
Mary Warren, Ph.D.（Genpathway最高科学責任者）氏の講演とQ&A
ChIP-on-chip：エストロゲンレセプターシストロームの定義
Myles Brown, M.D.（ハーバード大学医学部およびDana-Farber癌研究所 医学教授）氏の講演とQ&A
ChIP-on-chip理論と応用
Philipp Kapranov, Ph.D.（アフィメトリクス スタッフサイエンティスト）
エピジェネティクス修飾のゲノムワイド解析による、悪性グリオーマの診断・治療の新たな手がかり
スウェーデン国立医学センターのAnup Madan氏とMITのNoam Shomron氏が、悪性グリオーマの背後にある分子パスウェイのエピジェネディクス的な制御について新たな洞察を検討.
シロイヌナズナにおけるゲノムワイドのメチル化パターンのマッピングに使用した高分解能タイリングアレイ
Salk InstituteのJoseph Ecker氏とLawrence LivermoreのJutta Kollet氏が、シロイヌナズナのメチロームをマッピングする初の研究について検討
新しいバイオインフォマティクスアルゴリズムにより、乳癌のエストロゲン反応に対するフォークヘッドタンパク質の役割を予測
Dana-FarberのShirley LiuとLawrence Berkeley National LaboratoryのDavid Nixが、ChIP-on-chip研究用の改良アルゴリズムを検討。
クロマチン修飾の新たな組み合わせが、胚幹細胞のメンテナンスを支配
ハーバード大学医学部のBradley BernsteinがUT SouthwesternのRyan Weilと共に、二価メチル化が細胞分裂のタイミングと幹細胞の分化をいかにコントロールしていると考えられるかを検討。
これまで不明だった無数の転写因子結合部位が、タイリングマイクロアレイを使用してマッピングに成功
ハーバード大学のKevin StruhlとDana-FarberのMyles Brownが、転写因子結合部位の識別に偏りのないメソッドとしてChIP-on-chipを検討。
エストロゲンレセプター結合部位のゲノムワイドマッピングのワークフロー
Dr. Myles BrownおよびDr. Shirley Liuの率いるDana-Farber癌研究所とハーバード大学医学部のチームが、ChIP-on-chipを使用して乳癌細胞の何千ものエストロゲンレセプター（ER）結合部位のマッピングに成功したノウハウ。
アフィメトリクスとGenpathwayの協力により、ChIP-on-chipとメチル化DNAのアッセイとサービスを提供
Marry Warren（Genpathway最高科学責任者）のインタビュー。
論文と参考文献
「Bibliography of Affymetrix Tiling Publications」タイリングアレイに関する論文
タイリングアレイ 日本のユーザーの論文（2008年1月以降)
- Cohesin mediates transcriptional insulation by CCCTC-binding factor.
Wendt, K. S. et al. Nature 451, 796-801, 2008.
細胞分裂における染色小体の接着に必要で、有糸分裂後の遺伝子発現制御に関与していると考えられるCohisin複合体について、ヒトゲノムにおける結合部位を調べ、転写の insulation に必要な CCCTC-binding factor との密接な関係を明らかにした。
クロマチン免疫沈降法の実験に、ENCODE01 1.0 Array, ENCODE 2.0 Array, Human Tiling 1.0R Array Set が使用された。
- Integrative Genome-Wide Expression Analysis Bears Evidence of Estrogen Receptor-Independent Transcription in Heregulin-Stimulated MCF-7 Cells.
Nagashima, T. et al. PloS One 3(3), e1803, 2008.
MCF-7 乳癌細胞において、Heregulin によって制御される遺伝子を同定するため、ゲノムタイリングアレイによるヒストンH3 のアセチル化、RNA転写産物の解析を、Human Mapping 250K Array による染色体コピー数解析と組み合わせて実施した。
ヒストンH3 のアセチル化を調べるためのクロマチン免疫沈降法と転写産物マッピングの両方の実験に、Human Tiling 1.0 Array Setが使用された。 - Genome-Wide Analysis of Abnormal H3K9 Acetylation in Cloned Mice.
Suzuki, T. et al. PloS One 3(4), e1905, 2008.
クローンマウスにおける表現型の異常が、エピジェネティックな変化に起因するという仮説を検証するため、ヒストンH3 のリジン9残基アセチル化に焦点を絞り、ゲノムタイリングアレイによるヒストンH3 のアセチル化の程度の解析と定量PCR による遺伝子発現解析を行い、クローンマウスと対応する核ドナーの差異を調べた。
ヒストンH3 のアセチル化を調べるためのクロマチン免疫沈降法の実験に、Mouse Tiling 1.0 Array Set が使用された。 - Ripples from neighbouring transcription.
Ebisuya, M. et al. Nature Cell Biology 10(9), 1106-1113, 2008.
増殖因子による刺激によって速やかに誘導される immediate-early genes は、近傍の遺伝子を同時にアップレギュレートしていた。遺伝子のアノテーションが存在しない遺伝子間領域でも、同様の転写の活性化が見出された。
特定の遺伝子の強い転写が、近傍にある他の遺伝子の転写に波及効果を持つという現象が示唆された。
Mouse Tiling Array を転写活性の測定に利用した。 - The novel protein complex with SMARCAD1/KIAA1122 binds to the vicinity of TSS.
Okazaki, N. et al. J. Mol. Biol. 382(2), 257-265, 2008
SMARCAD1/KIAA1122 タンパク質の転写制御における生物学的な機能を明らかにするため、特異抗体を作製し、クロマチン免疫沈降法の実験を適用した。
高解像度のタイリングアレイを用い、69個のターゲット候補遺伝子の転写開始部位の近傍に SMARCAD1/KIAA1122 結合部位を発見した。
クロマチン免疫沈降法の実験に、Human Promoter 1.0R Array と ENCODE01 1.0 Array が使用された。 - Stepwise chromatin remodelling by a cascade of transcription initiation of non-coding RNAs.
Hirota, K. et al. Nature 456, 130-134, 2008.
分裂酵母 fbp1遺伝子座における転写の活性化で、クロマチンのリモデリングのために RNA Polymerase II によるノンコーディングRNA の転写が必要なことを示した。
Fbp1 遺伝子座では、数種類のノンコーディングRNA の転写を通じて、クロマチンが段階的に開放型へと変換され、fbp1 転写開始部位の上流領域でのRNA Polymerase II の移動と共役していた。これらの結果は、プロモーター領域での転写が、DNA配列が転写活性化因子やRNA Polymerase II に接近するために必要なことを示している。
分裂酵母のゲノムワイドトランスクリプトーム解析に、S. pombe Tiling 1.0FR Array が使用された。 - Arabidopsis transcriptome analysis under drought, cold, high-salinity and ABA treatment conditions using a tiling array.
Matsui, A. et al. Plant Cell Physiol. 49(8), 1135-1149, 2008.
シロイヌナズナのタイリングアレイを利用し、乾燥、低温、塩などのストレス下やアブシジン酸処理条件で発現するノンコーディングRNA を同定した。
シロイヌナズナのトランスクリプトーム解析に Arabidopsis Tiling 1.0R Array および 1.0F Array が使用された。 - Identification of the candidate genes regulated by RNA-directed DNA methylation in Arabidopsis.
Kurihara, Y. et al. Biochemical and Biophysical Research Communications 376(3), 553-557, 2008.
DNAメチル化に関与する 24塩基の siRNA によって直接ダウンレギュレートされる候補遺伝子を同定するため、全ゲノムタイリングアレイを用いた。
シロイヌナズナのトランスクリプトーム解析に Arabidopsis Tiling 1.0R Array および 1.0F Array が使用された。 - Genome-wide suppression of aberrant mRNA-like noncoding RNAs by NMD in Arabidopsis. Kurihara, Y. et al. Proc. Natl. Acad. Sci. USA 106(7), 2453-2458. 2009.
シロイヌナズナのタイリングアレイを用いて、nonsense-mediated mRNA decay (NMD) が、mRNA様ノンコーディングRNA の多くを抑制していることを明らかにした。
シロイヌナズナのトランスクリプトーム解析に Arabidopsis Tiling 1.0R Array および 1.0F Array が使用された。
ここでご紹介しているのは、ほんの一部です。タイリングアレイのその他の論文はこちらでご覧いただけます。