Affymetrix® SNP 6.0 Core Reagent Kit

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SNP 6.0 Core Reagent Kit は、サポートされているすべてのサンプルタイプにおいて、Affymetrix の仕様を満たすことが実証されています。

新製品：包括的な試薬キット

SNP 6.0 Core Reagent Kit は、PCR増幅と精製を除くすべてのアッセイ工程に必要な、検証および認定された試薬で構成されています （図１参照）。

 

SNP 6.0 Core Reagent Kit の構成内容：

  • 制限酵素処理からスキャンまで、全ワークフローに必要な試薬
  • ニュー・イングランド・バイオラボ社（New England Biolabs）製の酵素：T4 DNA リガーゼ、Sty Ⅰ および NSP Ⅰ 制限酵素、関連バッファー
  • Pierce、Invitrogen、Sigma、Promega などの主要な供給業者製のハイブリダイゼーションバッファーマスターミックス
  • Molecular Probes 製色素で作成された染色液

 

図 1: SNP 6.0 Core Reagent Kit の最適化されたワークフロー

 

全ゲノムサンプリングアッセイの概要

SNP 6.0 Assay は、全ゲノムサンプリングアッセイに基づいています。このアッセイでは、ゲノム DNA (500 ng) を Nsp I および Sty I 制限酵素で切断し、切断部位の 4 bp のオーバーハングを認識するアダプターにライゲーションします。
制限酵素処理によって生成されたすべての断片は、サイズにかかわらず、アダプターライゲーションの基質になります。アダプター配列を認識するジェネリックプライマーを用い、アダプター結合DNA断片を増幅します。PCR条件は、200~1,100 bp のサイズ範囲にある断片を優先的に増幅するように最適化されています。各制限酵素処理のPCR増幅産物は、混合し、ビーズ法またはイソプロパノール沈殿法で洗浄します。増幅したDNAは、断片化後、標識し、アレイにハイブリダイズします。

Overview of the Genome-Wide Human SNP Assay Kit 6.0
図 2.
Overview of the Genome-Wide Human SNP Assay Kit 6.0

 

お客様のご予算で、より高い性能を

SNP Array 6.0  は、競合製品よりも優位ないくつもの特性があります。（表１：性能測定基準を参照）。特定の遺伝子に対するSNP Array 6.0 のカバー率の詳細情報については、NetAffx Analysis Center をご覧ください。

 

表 1: SNP Array 6.0　の性能測定基準

より詳しい仕様規格表をご覧になる場合はこちらをクリック >

特性 SNP Array 6.0

遺伝子型解析情報

インプット DNA

500 ng

マーカー

1,852,426

Non-Polymorphic probes/array

946,000

SNP

906,600

CNV

945,826

Other structural variants

NA

*他のサンプルタイプについては、社内およびお客様の研究室にて試験されています。口腔内スワブ、FFPE、新鮮凍結サンプルについては、弊社のアッセイで確実に使用できますが、コール率（call rates） および サンプル合格率（sample pass rates）は、わずかに低下することが分かっています。

正真正銘のパワーと性能

SNP Array 6.0 は、250本を超える文献で最適ツールとして研究者に選ばれ、150個を超えるSNP、CNVについて疾患との関連が発見されています。

SNP Array 6.0 の文献を検索する

SNP Array 60 は、GeneChip® Scanner 3000 で使用するようにデザインされています。.

本製品は試験研究用ですので、診断の目的には使用できません。

 

現在、この製品に関する資料はございません。詳細については、supportjapan@affymetrix.comまでお問合せください。

Part # Description Includes
901706 SNP 6 Core Reagent Kit - Contains all components for digestion, ligation, stain, adapters and restriction enzymes Sufficient for 100 reactions
901756 SNP 6 Core Reagent Kit - Digest, Ligate, HWS Sub-kit (for customers with existing SNP 6.0 Nsp/Sty Assay Kit) Sufficient for 100 reactions

Required Products

Part # Description Includes
Genome-Wide Human SNP Array 6.0
Genome-Wide Human SNP Nsp/Sty Assay Kit 6.0
Genotyping Console Software
GeneChip Command Console Software (AGCC)
GeneChip Fluidics Station 450
GeneChip Hybridization Oven 645
GeneChip Scanner 3000 7G
GeneChip Scanner 3000 7G Whole-Genome Association System
GeneChip AutoLoader
Complete GeneChip Instrument System
QC Toolbox Software Kit, Version 2.2