GeneChip® IVT Labeling Kit

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お知らせ：GeneChip® IVT Labeling Kitは、2010年12月末日をもって販売を終了させていただきます。ご了承ください。

GeneChip® IVT Labeling Kitは、GeneChip® プローブアレイのターゲットを調製する際の、in vitro 転写反応（IVT）での増幅およびビオチン標識のためにデザインされました。1サイクルまたは2サイクルの”ターゲットラベリングアッセイ”により合成された、T7プロモータ配列を含む2本鎖ｃDNAを鋳型として使用します。完全に統合された遺伝子発現解析用GeneChip試薬製品群の一部である、GeneChip IVT Labeling Kitには以下の特長があります。

安定した高収量と取り込み効率
Ambion社のMEGAscript®によるIVT反応において、独自の合成ビオチン標識ヌクレオチドアナログを使用することにより、高いcRNA収量と一定の取り込み効率が得られます。
GeneChipプローブアレイ上で優れた性能を発揮するための品質試験および標準化
GeneChipプローブアレイのために特別にデザインされ、他のアフィメトリクス社製の試薬とともに一貫したシステムとして品質管理されています。
実験ワークフローの合理化
オーバーナイトのIVTインキュベーションにより、ターゲットラベリング反応全体のワークフローが簡便化されるため、実験作業をより柔軟に計画することができます。
前世代のプロトコールと同等のアレイ検出感度とアッセイ内再現性
Present Call率など総合的なアレイの性能は、以前のプロトコールで行った場合と同程度なので、この新たな、より経済性の優れた製品へと簡単に移行することができます。
便利なパッケージ
より大きな30回反応分のキットサイズは、GeneChip®マイクロアレイのパッケージ内アレイ数に適合しているので、ユーザーは、各実験で使用する全試薬のロット番号を容易に追跡することができます。

キット内容

内容	数量	容量
10X IVT Labeling Buffer	1	120 µL
IVT Labeling Enzyme Mix	1	120 µL
IVT Labeling NTP Mix	1	360 µL
3'-Labeling Control (0.5 µg/µL)	1	10 µL
RNase-free Water	1	90 µL

IVT標識反応プロトコール

製品には、詳細な使用説明書が添付されています。

下記のことにご注意ください。

ハイブリダイゼーションカクテルの調製法を変更し、最終濃度10%となるようDMSOを加えて最適化されます。
このIVT Labeling Kitを使用して調製したサンプルを、プローブセルサイズ（feature size）が11μmのGeneChip^®アレイにハイブリダイゼーションをする際には、新に開発された専用のFluidics Scriptを適用してください。

These conditions are different from previous recommendations. Contact Affymetrix Technical Support for any additional questions.

ビオチン標識cRNAの収量

図 1

IVT Labeling Kitを用いて得られた各標識反応の平均収量および標準偏差は、下図のとおりです（HeLa、肺検体はn=9、骨格筋、Universal Human Reference RNA、脳検体はn=2）。すべての組織から、一定して高収量が得られました。

ビオチン標識cRNAの長さ

図 2

ヒト脳のtotal RNAから得た代表的なcRNAサンプルの長さを、Agilent RNA 6000 Nano Assayを用いてAgilent 2100バイオアナライザーで解析しました。cRNAの長さは、IVT Labeling Kit、NENビオチン標識ヌクレオチドのいずれで得たものも同等です。

GeneChip® プローブアレイの検出感度

図 3

IVT Labeling KitまたはNENビオチン標識ヌクレオチドを用いて、ヒト骨格筋のtotal RNA 5µgから得た標識cRNAターゲットを、GeneChip® プローブアレイにハイブリダイズさせました。 2つの独立した実験で得られた、平均のPresent Call率は下図のとおりです。いずれの種類のアレイでも、IVT Labeling Kitで、同レベルまたは優れたアレイ検出感度が示されました。

IVT Labeling Kitは Complete Reagent Packages for Eukaryotic Arrays （One-Cycle Target Labeling and Control Reagents および Two-Cycle Target Labeling and Control Reagents）に含まれています。