Genome-Wide Human SNP Nsp/Sty Assay Kit 5.0/6.0

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図1

アフィメトリクスGenome-Wide Human SNP Nsp/Sty Assay Kit 5.0/6.0 [P/N 901152, 901015] は、Genome-Wide Human SNP Array 5.0 [P/N 901167, 901071] およびSNP Array 6.0 [P/N 901153, 901150] と共に使用するよう開発・検証されたものです。簡単に言えば、全ゲノムDNA（500 ng）はNsp IおよびSty I制限酵素で消化され、4 bp突出末端を認識するアダプターをライゲーションします。制限酵素での消化で生じた全フラグメントは、その長さにかかわらず、アダプターライゲーションの基質となります。アダプター配列を識別するジェネリックプライマーが、アダプターに結合したDNAフラグメントを増幅するために使用されます。 200～1,100 bpの範囲のフラグメントが選択的に増幅するよう、PCR状態が最適化されています。各制限酵素消化に対するPCR増幅産物を合わせ、ポリスチレンビーズを使用して精製します。増幅されたDNAを断片化後、標識し、アレイにハイブリダイゼーションします。

アフィメトリクスGenome-Wide Human SNP Nsp/Sty Assay Kit 5.0/6.0には、アッセイで重要なステップに使用する検証・認定済みの試薬が含まれます。これにはPCRプライマー、アダプター、PCR産物を断片化・標識する試薬、数種類のコントロール試薬が含まれます。キットは、50反応または100反応の2種類があります（「Ordering Information 」を参照）。

Qiagen REPLI-g®キットによって調製された全ゲノム増幅産物も、Genome-Wide Human SNP Assay Kit 5.0/6.0でスタートマテリアルとして使用できます。

Affymetrix® Genome-Wide Human SNP Nsp/Sty Assay Kit 5.0/6.0 Components
アダプターまたはSty lアダプター	Nsp lまたはSty l制限箇所に特異的に結合する、アニールされたオリゴヌクレオチド
PCRプライマー002	結合したゲノムDNAを増幅するPCRプライマー
参照ゲノムDNA、103	ヒトゲノムDNAコントロールで、遺伝子型が一致するもの
GeneChip®断片化試薬	DNアーゼI酵素（精製PCRアンプリコンを断片化するため配合）
10X フラグメンテーション緩衝液	フラグメンテーション反応用の緩衝液
GeneChip® DNA標識試薬（30 mM）	断片化したPCRアンプリコンの末端標識に用いる、特許技術のビオチン標識試薬

末端デオキシヌクレオチジルトランスフェラーゼ	末端標識断片化PCRアンプリコンに、GeneChip® DNA標識試薬と共に使用する酵素
5X 末端デオキシヌクレオチジルトランスフェラーゼ	標識反応用の緩衝液
オリゴコントロール試薬、0100	ビオチン標識されたオリゴヌクレオチド5種の混合物。SNP Array 5.0およびSNP Array 6.0でコントロール領域をハイブリダイゼーションする（グリッドおよびアレイコントロール）

全ゲノムサンプリングアッセイでのPCR増幅について機能認定されたClontechのTitanium™ DNA Amplification Kitに関する詳細はこちら >

Data Sheets

Genome-Wide Human SNP Array 6.0 (pdf, 846 KB)

Technical Notes

SNP Concordance Across Affymetrix Genotyping Arrays (pdf, 168 KB)

Application Notes

A New Paradigm for Two-stage Association Studies (pdf, 144 KB)

Publications

Key Publications on the SNP Array 5.0/6.0 Platform for Whole-genome Association Studies (pdf, 194 KB)

Part #	Description	Includes
901152	Affymetrix Genome-Wide Human SNP Nsp/Sty Assay Kit 5.0/6.0	Sufficient for 50 reactions
901015	Affymetrix Genome-Wide Human SNP Nsp/Sty Assay Kit 5.0/6.0	Sufficient for 100 reactions

Required Products

Part #	Description	Includes
	Affymetrix® GeneChip® Command Console® Software	Available Via Download
	Genotyping Console™ Software	Available Via Download
00-0079	GeneChip® Fluidics Station 450
800138	GeneChip® Hybridization Oven 640
00-0211	GeneChip® Scanner 3000 7G