GeneChip® Human X3P Array

Email | Print

GeneChip® Human X3P Arrayは、ホルマリン固定パラフィン包埋（FFPE）したサンプルの全ゲノム発現プロファイリングのために特別にデザインされたアレイで、GeneChip Made-to-Order Programを通じて提供されます。

アフィメトリクス社とArcturus社の共同開発の結果、このアレイは、FFPEサンプルの発現解析用にArcturus社が開発したParadiseTM　 Reagent System とともに解析システムの一部として最適化してあります。

FFPEサンプルは、RNA分子の分解や化学的修飾の可能性が高いため、マイクロアレイによる解析に用いるのは困難とされてきました。これらの問題を解決すべく、Paradise Reagent SystemはFFPEサンプル用に最適化されたRNAの単離および増幅用試薬として開発されました。さらにX3P Arrayは、標準のGeneChipアレイに比べて、より3’末端に近い位置に存在する塩基配列を調べることに焦点を置いてデザインされています。また、試薬とアレイは、ゲノムワイドなプロファイリングができるように、FFPE RNAサンプルの特性に対応しています。

X3Pアレイ上のターゲット塩基配列は、Human Genome U133 Plus 2.0 Arrayのデザインに用いられた、全47,000種類の転写産物を調べる61,000プローブセットに対するものと同じですが、これら2タイプのアレイ上のプローブは極めて異なります。

プローブ選択の基準に修正を加えた結果、X3Pアレイのプローブセットのほとんどは転写産物の3’末端側の300塩基以内から選択されました。これは、3’末端の近傍600塩基以内の領域でプローブセットを選択する標準的なアフィメトリクス社のデザイン方法とは異なります。

47,000種類の転写産物に対するプローブを選択する際、そのうちおよそ4,000種類の転写産物については、より短い300塩基以内のプローブ選択領域で高い性能を示すプローブセットを選択することはできませんでした。これらの転写産物については、アレイ上に2つのプローブセットを配置しています。1）標準的なHG-U133 Plusのデザイン由来のプローブセットは、X3Pアレイ上にも搭載されています。2）新しくデザインされた、より3’側のプローブセットも含まれます。ただし、これらはプローブ選択スコアの最低基準値を下回っています。

加えて、HG-U133 Plus由来の200種類以下の転写産物がHG-U133 Plusのプローブセットと同じままに搭載されていますが、これらは300塩基以内のプローブ選択領域から選ばれたプローブセットではありません。

Data Sheets

Made-to-Order Program (pdf, 144 KB)

Part #	Description	Includes
900516	Human X3P Array	Contains 6 arrays

Required Products

Part #	Description	Includes
900720	GeneChip® Hybridization, Wash, and Stain Kit	sufficient for 30 reactions
	GeneChip® 3' IVT Express Kit

Related Products

Part #	Description	Includes
900375	T7-Oligo(dT) Promoter Primer Kit	sufficient for 150 reactions
900433	Poly-A RNA Control Kit	sufficient for approximately 100 reactions
900454	Hybridization Control Kit	sufficient for 30 reactions

FAQs

Gene Expression Arrays

Manuals

Expression Analysis Technical Manual, with Specific Protocols for Use with the Hybridization, Wash, and Stain Kit (pdf, 1.70 MB)

Probe Set Data in MAGE-ML Format

Library Files

Human X3P Array (zip, 30 MB)

Package Inserts

Human X3P Array (pdf, 67 KB)

Alignment, Annotation, and Sequence Files

Information about using Alignment, Annotation, and Sequence files

NetAffx Alignment Files

X3p Alignments to Genome, PSL (7.4 MB, 9/28/06)

Current NetAffx Annotation Files

U133_X3P Annotations, CSV format, Release 32 (21 MB, 6/10/11)

U133_X3P Annotations, MAGE-ML XML Format, Release 32 (92 MB, 6/9/11)

U133_X3P BLASTP annotations, CSV Format, Release 32 (9.4 KB, 6/9/11)

U133_X3P Orthologs/Homologs, CSV Format, Release 32 (8.6 MB, 6/9/11)

Note: NetAffx annotation files are intended for use in automated analysis. Some are not compatible with all spreadsheet applications. Please use the NetAffx Analysis Center to limit download data to your probe sets of interest. Annotation CSV files for the exon arrays are split into a probe set-level annotation file and a transcript cluster-level annotation file; exon array CSV files are compatible with ExACT.