GeneChip^® Wheat Genome Array

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GeneChip^® Wheat Genome Arrayは、コムギのゲノムを広範にカバーしており、植物遺伝学研究の重要なツールとなります。作物の品種改良や遺伝子発現の研究に応用することで、Wheat Genome Arrayは、栄養価や作物生産量の研究、そしてコムギに対する環境ストレスの影響に関する研究に役立てることができます。

GeneChip Wheat Genome Arrayは、コムギゲノムの42染色体すべてに存在する55,052種類の転写産物に対応する、61,127のプローブセットを含みます。
Power of the Probe Set－この強力なプローブセットをツールとして利用すれば、１つの転写産物に対して複数の独立した測定が行えます。複数のプローブを用いることで、あらゆるマイクロアレイプラットフォームの中でも非常に高精度でしかも再現性の高い解析結果が得られます。
GeneChip® Systemは、豊富なデータと鋭い洞察力、さらに優れた解析評価能力を備えています。

アレイプロフィール

GeneChip® Wheat Genome Arrayは、コムギの遺伝子発現研究に携わる研究者の皆様に、最も広範で豊富な情報を提供します。アレイのデザインは、GenBank®やdbESTなどの公開されたデータベースを基に行われています。高品質の塩基配列データがコムギの研究に携わる専門家によって提供されており、また、Wheat Genome Arrayは、アフィメトリクス社の標準的なプロトコールに基づいて、デザインおよび製造されています。

GeneChip Wheat Genome Arrayの塩基配列情報には、Triticum aestivum UniGene Build #38（2004年4月24日）からの公開データベースの内容を含んでいます。また、コムギの種であるT. monococcum、T. turgidumおよびAegilops taushiiのESTを含む他、2004年5月18日に公開された、全種に由来するGenBank full length mRNAを含んでいます。

6倍体のパン用コムギであるT. aestivumは、A, B, Dの3つのゲノムを含んでおり、4倍体のマカロニ用コムギであるTriticum turgidumは代々受け継がれたAおよびBゲノムを含んでいます。また、2倍体のT. monococcumやA. tauschiiはそれぞれ、AおよびDに系統の近いゲノムを含んでいます。つまりこのアレイには、現代のパン用コムギ種の祖先である3つのコムギのゲノム情報が含まれているのです。

解析に必要な機器およびソフトウェア

*GeneArray® 2500 Scannerをお持ちのお客様は、GCS3000へのアップグレードが必要となります。別途ご相談ください。

Wheat Genome Arrayは、Affymetrix GeneChip® Consortia Programの一環としてデザインされました。

Data Sheets

Wheat Genome Array (pdf, 308 KB)

Wheat Genome Array (pdf, 84KB) - Japanese Version

Part #	Description	Includes
900558	GeneChip® Wheat Genome Array	Contains 2 arrays
900559	GeneChip® Wheat Genome Array	Contains 6 arrays
900560	GeneChip® Wheat Genome Array	Contains 30 arrays

Required Products

Part #	Description	Includes
900454 900457	GeneChip® Hybridization Control Kit	Sufficient for 30 reactions Sufficient for 150 reactions
900720	GeneChip® Hybridization, Wash, and Stain Kit	Sufficient for 30 reactions
	GeneChip® 3' IVT Express Kit

Related Products

Part #	Description	Includes
900375	GeneChip® T7-Oligo(dT) Promoter Primer Kit	Sufficient for 150 reactions
900433	GeneChip® Poly-A RNA Control Kit	sufficient for approximately 100 reactions
900301	Control Oligo B2, 3nM	Sufficient for 30 samples

FAQs

Gene Expression Arrays

Manuals

3' IVT Express Kit User Manual (pdf, 1.17 MB)

Expression Analysis Technical Manual, with Specific Protocols for Use with the Hybridization, Wash, and Stain Kit (pdf, 1.70 MB)

HT 3' IVT Express Kit (pdf 8.41 MB)

Probe Set Data in MAGE-ML Format

Library Files

Wheat Genome Array (zip, 28 MB)

Package Inserts

Wheat Genome Array (pdf, 516 KB)

Alignment, Annotation, and Sequence Files

Information about using Alignment, Annotation, and Sequence files

Current NetAffx Annotation Files

wheat Annotations, CSV format, Release 32 (6.4 MB, 6/10/11)

wheat Annotations, MAGE-ML XML Format, Release 32 (36 MB, 6/9/11)

wheat BLASTP annotations, CSV Format, Release 32 (3.8 KB, 6/9/11)

Note: NetAffx annotation files are intended for use in automated analysis. Some are not compatible with all spreadsheet applications. Please use the NetAffx Analysis Center to limit download data to your probe sets of interest. Annotation CSV files for the exon arrays are split into a probe set-level annotation file and a transcript cluster-level annotation file; exon array CSV files are compatible with ExACT.