GeneChip^® Vitis vinifera (Grape) Genome Array

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GeneChip® Vitisvinifera Genome Arrayは、V. viniferaゲノムを包括的に解析できる初めてのアレイです。便利な1枚のアレイには、下記の特長があります。

1個のV. vinifera 転写産物と他のVitis種由来の1,700転写産物の発現解析が可能です。
この強力なプローブセットをツールとして利用すれば、１つの転写産物に対して複数の独立した測定が行えます。複数のプローブを用いることで、あらゆるマイクロアレイプラットフォームの中でも非常に高精度でしかも再現性の良い解析結果が得られます。
GeneChip® システムは、豊富なデータと鋭い識見、さらに優れた解析評価能力を備えています。

アレイプロフィール

各対応配列に相補的なオリゴヌクレオチドプローブは、in situでアレイ上に合成しています。16対のオリゴヌクレオチドプローブを用いて、GeneChip® V. vinifera (Grape) Genome Array上の各配列に対応する転写レベルを測定します。
V. vinifera (Grape) Genome Arrayのデザインに使用した配列は、GeneBank®、dbEST、RefSeqから選択しました。配列クラスターはUniGeneデータベース（Build 7、2003年10月）から作製されています。

解析に必要な機器およびソフトウェア

*高解像度スキャンニング機能搭載のGeneChip® Scanner 3000（GCS3000）に関して：
2003年9月以降に出荷された、502で始まるシリアル番号のGeneChip® Scanner 3000は、すべて高解像度タイプのGCS3000です。501で始まるシリアル番号の旧バージョンスキャナーをお持ちの方は、Vitisvinifera (Grape) Genome Arrayを解析する際には、高解像度タイプへのアップデートが必要です。GCS3000スキャナーの高解像度タイプへのアップデートについては、弊社までお問合せください。また、GeneArray® 2500 Scannerをお持ちのお客様は、GCS3000へのアップグレードが必要となります。別途ご相談ください。

Data Sheets

Vitis vinifera (Grape) Array (pdf, 114 KB) - Japanese Version

Vitis vinifera (Grape) Array (pdf, 468 KB)

Part #	Description	Includes
900509	*GeneChip® Vitis vinifera* Genome Array**	Contains 2 arrays
900510	*GeneChip® Vitis vinifera* Genome Array**	Contains 6 arrays

Required Products

Part #	Description	Includes
00-0210	GeneChip Scanner 3000 7G, enabled for High-Resolution Scanning*	See Product Page
	GeneChip Operating Software (GCOS)	Includes the GeneChip Scanner 3000 High-Resolution Scanning Patch
900454 900457	GeneChip® Hybridization Control Kit	See Product Page
	*GeneChip Scanner 3000 High-Resolution Update is standard on all instruments shipped starting in September 2003 with serial number series 502. Previous versions, serial number series 501, will require the 00-0110 GeneChip Scanner 3000 High-Resolution Update to be installed.
	GeneChip® 3' IVT Express Kit
900720	GeneChip® Hybridization, Wash, and Stain Kit	Sufficient for 30 reactions

Related Products

Part #	Description	Includes
900375	GeneChip® T7-Oligo(dT) Promoter Primer Kit	Sufficient for 150 reactions
900433	GeneChip® Poly-A RNA Control Kit	Sufficient for approximately 100 reactions

FAQs

Gene Expression Arrays

Manuals

3' IVT Express Kit User Manual (pdf, 1.17 MB)

Expression Analysis Technical Manual, with Specific Protocols for Use with the Hybridization, Wash, and Stain Kit (pdf, 1.70 MB)

HT 3' IVT Express Kit (pdf 8.41 MB)

Probe Set Data in MAGE-ML Format

Library Files

Vitis vinifera (Grape) Array (zip, 12 MB)

Package Inserts

Vitis vinifera (Grape) Array (pdf, 492 KB)

Alignment, Annotation, and Sequence Files

Information about using Alignment, Annotation, and Sequence files

Current NetAffx Annotation Files

Vitis_Vinifera Annotations, CSV format, Release 32 (2.3 MB, 6/10/11)

Vitis_Vinifera Annotations, MAGE-ML XML Format, Release 32 (13 MB, 6/9/11)

Vitis_Vinifera BLASTP annotations, CSV Format, Release 26 (919 B, 7/8/08)

Note: NetAffx annotation files are intended for use in automated analysis. Some are not compatible with all spreadsheet applications. Please use the NetAffx Analysis Center to limit download data to your probe sets of interest. Annotation CSV files for the exon arrays are split into a probe set-level annotation file and a transcript cluster-level annotation file; exon array CSV files are compatible with ExACT.