GeneChip^® Sugar Cane Genome Array

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GeneChip® Sugar Cane Genome Arrayは、世界的に重要な食物とされるサトウキビ（Saccharum officinarum）の遺伝子発現をモニターするために特別にデザインされたアレイです。このアレイを用いてS. officinarumの遺伝子発現パターンの研究を行うことにより、サトウキビの生産性を高めたり、病気や害虫に対する抵抗力を高めたりする、遺伝的特性の解明に役立てることができます。

GeneChip Sugar Cane Genome Arrayにはおよそ6,024の異なるS. officinarum遺伝子（UniGeneクラスターとUniGene以外の遺伝子クラスターを含む）に対する8,236のS. officinarumのプローブセットが含まれています。
Power of the Probe Set－この強力なプローブセットをツールとして利用すれば、１つの転写産物に対して複数の独立した測定が行えます。複数のプローブを用いることで、あらゆるマイクロアレイプラットフォームの中でも非常に高精度でしかも再現性の高い解析結果が得られます。

アレイプロフィール

GeneChip® Sugar Cane Genome Arrayの塩基配列情報は、主要なサトウキビ研究者との共同研究のもと、Affymetrix GeneChip® Consortia Programの一環として作製されました。このアレイは、Saccharum officinarum UniGene Build 5（2004年8月27日）とGenBank® mRNAs（2004年11月2日まで）のデータを基にデザインされています。GeneChip Sugar Cane Genome Arrayは169フォーマット、11μmのアレイデザインで、プローブセットごとに11対のプローブペアを含んでいます。

解析に必要な機器およびソフトウェア

*GeneArray® 2500 Scannerをお持ちのお客様は、GCS3000へのアップグレードが必要となります。別途ご相談ください。

Sugar Cane Arrayは、Affymetrix GeneChip® Consortia Programの一環としてデザインされました。

Data Sheets

Sugar Cane Genome Array (pdf, 412 KB)

Sugar Cane Genome Array (pdf, 84KB) - Japanese Version

Part #	Description	Includes
900626	GeneChip® Sugar Cane Genome Array	Contains 2 arrays
900627	GeneChip® Sugar Cane Genome Array	Contains 6 arrays
900628	GeneChip® Sugar Cane Genome Array	Contains 30 arrays

Required Products

Part #	Description	Includes
00-0211	GeneChip® Scanner 3000	Enabled for High-Resolution Scanning or GeneChip® Scanner 3000 7G
900720	GeneChip® Hybridization, Wash, and Stain Kit	Sufficient for 30 reactions
	GeneChip® 3' IVT Express Kit

Related Products

Part #	Description	Includes
900375	GeneChip® T7-Oligo(dT) Promoter Primer Kit	Sufficient for 150 reactions
900433	GeneChip® Poly-A RNA Control Kit	Sufficient for approximately 100 reactions
900454	GeneChip® Hybridization Control Kit (required)	Sufficient for 30 reactions
900301	Control Oligo B2 (already included in the Hybridization Kit)	Sufficient for 30 samples

FAQs

Gene Expression Arrays

Manuals

3' IVT Express Kit User Manual (pdf, 1.17 MB)

Expression Analysis Technical Manual, with Specific Protocols for Use with the Hybridization, Wash, and Stain Kit (pdf, 1.70 MB)

HT 3' IVT Express Kit (pdf 8.41 MB)

Probe Set Data in MAGE-ML Format

Library Files

Sugar Cane Genome Array (zip, 6 MB)

Package Inserts

Sugar Cane Genome Array (pdf, 492 KB)

Alignment, Annotation, and Sequence Files

Information about using Alignment, Annotation, and Sequence files

Current NetAffx Annotation Files

Sugar_Cane Annotations, CSV format, Release 32 (1.8 MB, 6/9/11)

Sugar_Cane Annotations, MAGE-ML XML Format, Release 32 (6.5 MB, 6/9/11)

Sugar_Cane BLASTP annotations, CSV Format, Release 32 (784 B, 6/9/11)

Note: NetAffx annotation files are intended for use in automated analysis. Some are not compatible with all spreadsheet applications. Please use the NetAffx Analysis Center to limit download data to your probe sets of interest. Annotation CSV files for the exon arrays are split into a probe set-level annotation file and a transcript cluster-level annotation file; exon array CSV files are compatible with ExACT.