GeneChip^® Rat ToxFX 1.0 Array

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GeneChip® Rat ToxFX 1.0 Array は、直接的に毒物学の対象となる55のシグネチャーと22のパスウェイに対応する、2,073のプローブセットを含む1枚のアレイで構成されています。マイクロアレイデータの解析は、ToxFX Study Builder ソフトウェアとToxFX Analysis Engine によって完全に自動化されており、医薬品候補化合物や対象化合物の毒物学的・薬理学的特性を網羅的かつ読みやすいレポートにまとめることが可能です。

Rat ToxFX 1.0 Array

図 3, 表 1

Rat ToxFX 1.0 Arrayは、全ゲノムRat Genome 230 2.0 Arrayに搭載されている内容から選ばれたサブセットで構成されます。このサブセットのプローブセットは、Drug Signature®と関連する遺伝子とIconix BioscienceのDrugMatrix®ライブラリに掲載されているパスウェイに対応します。

Rat ToxFX 1.0 Arrayの全プローブセットは、Rat Genome 230 2.0 Arrayの対応部分と同一です。このサブセットアレイには、同じハイブリダイゼーション、サンプル標識、ハウスキーピングのコントロールが含まれます。特徴全体の比較については、データシートの図3と表1をご覧ください。

Rat ToxFX 1.0 Arrayが調べる各遺伝子配列転写レベルを11対のオリゴヌクレオチドプローブを使って測定します。オリゴヌクレオチドプローブは、アフィメトリクスのフォトリソグラフィー工程を用いて、GeneChip® Rat Genome 230 2.0 Arrayと全く同じ製造工程でin situ合成されます。

ToxFX™ Report

ToxFX ReportはPDF形式で自動的に生成され、毒物学研究とその結果について、あらゆる側面の詳細なサマリーを提供します。データはさまざまなレベルで要約され、要旨から詳細なパスウェイ解析までが作成されます。

レポートに含まれるセクション：

要旨（Executive Summary）－重要な安全性項目を中心とする、1ページのサマリー
研究の詳細（Study Description）－研究デザインの詳細な記録
薬剤シグネチャー（Drug Signatures）－50以上の生物学的結果（胆汁うっ滞、胆管過形成など）との毒物学的一致に基づいた、可能性のある安全性の問題に関するレポート
パスウェイ（Pathways）－毒物に関連する22の重要な分子パスウェイ（胆汁酸、コレステロール代謝や酸化ストレスなど）に対する治療効果を示す、詳細な解析とダイアグラム
毒物学関連遺伝子の分類（Toxicologically Relevant GeneGroupings）－毒物学に関連のある注目すべき遺伝子（チトクロムP450など）の発現データで構成される一つの表
方法と用語集（Methodology and Glossary）－結果の解釈に必要な解析方法と用語の説明

Data Sheets

ToxFX™ Analysis Suite (pdf, 234 KB)

GeneChip^® Rat ToxFX 1.0 Array (Including the ToxFX Analysis Report)

Part #	Description	Includes
900994	GeneChip® Rat ToxFX 1.0 Array	Contains 2 Rat ToxFX 1.0 Arrays
900995	GeneChip® Rat ToxFX 1.0 Array	Contains 6 Rat ToxFX 1.0 Arrays
900996	GeneChip® Rat ToxFX 1.0 Array	Contains 30 Rat Tox FX 1.0 Arrays
900997†	GeneChip® Rat ToxFX 1.0 Array with Reagents	† Contains 30 Arrays and GeneChip® One-Cycle Target Labeling and Control Reagents sufficient for 30 reactions.
	† The GeneChip® Hybridization, Wash and Stain Kit is not included and must be purchased separately.

Required Products

Part #	Description	Includes
00-0185 00-0186	GeneChip® Scanner 3000	Provides GeneChip® Microarray scanning. See Product Page.
00-0079	GeneChip® Fluidics Station 450	The GeneChip® Fluidics Station 450 provides easy to use staining and washing of microarrays.
800138 800139	GeneChip® Hybridization Oven 640	The Hybridization Oven 640 delivers precise temperature control allowing consistent hybridization performance. See Product Page.
690036	GeneChip® Operating Software v1.4 or higher	Available Via Download
	Expression Console™ Software	Available Via Download
	ToxFX™ Study Builder	Available via ToxFx Website

FAQs

Gene Expression Arrays

Rat ToxFX 1.0 Array

Manuals

3' IVT Express Kit User Manual (pdf, 1.17 MB)

Expression Analysis Technical Manual, with Specific Protocols for Use with the Hybridization, Wash, and Stain Kit (pdf, 1.70 MB)

HT 3' IVT Express Kit (pdf 8.41 MB)

Probe Set Data in MAGE-ML Format

ToxFX™ Analysis Suite Manual (pdf, 1.0 MB)

Library Files

Rat ToxFX 1.0 Array (zip, 3.26 MB)

ToxFX Gene List (zip, 170KB)

Package Inserts

Rat ToxFX 1.0 Array (pdf, 212 KB)

Alignment, Annotation, and Sequence Files

Information about using Alignment, Annotation, and Sequence files

Current NetAffx Annotation Files

RatToxFX Annotations, CSV format, Release 32 (971 KB, 6/9/11)

RatToxFX Annotations, MAGE-ML XML Format, Release 32 (4.0 MB, 6/9/11)

RatToxFX BLASTP annotations, CSV Format, Release 31 (2.0 KB, 8/11/10)

RatToxFX Orthologs/Homologs, CSV Format, Release 32 (562 KB, 6/9/11)

Note: NetAffx annotation files are intended for use in automated analysis. Some are not compatible with all spreadsheet applications. Please use the NetAffx Analysis Center to limit download data to your probe sets of interest. Annotation CSV files for the exon arrays are split into a probe set-level annotation file and a transcript cluster-level annotation file; exon array CSV files are compatible with ExACT.