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GeneChip^® Rat Exon 1.0 ST Array

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2009年8月より、新しいWTアッセイが始まりました>>

GeneChip® Rat Exon 1.0 ST Arrayは、エクソンあたりのプローブ数が約4個、遺伝子あたりのプローブ数が約40個のアレイで、遺伝子発現と選択的スプライシングという2つのレベルの相補的な解析を可能にします。

各エクソンに複数のプローブを採用したことで、「エクソンレベル」の解析を実現し、1個の遺伝子の異なるアイソフォームを識別することが可能です。このエクソンレベルの解析を全ゲノム規模で行うことで、疾患メカニズムや病因において中心的役割を担うと考えられる、エクソン使用についての特定の変化を検出する扉が開かれます。

もう一つの「遺伝子レベル」の発現解析では、異なるエクソンにある複数のプローブのデータを、同じ遺伝子に由来するすべての転写産物の発現値にまとめます。

エクソンアレイは、実験的な証拠のある転写配列や予測される転写配列など、ゲノムを最も包括的にカバーしたアレイで、これまで同定されていない新規転写産物の発見を可能にします。

この統合されたソリューションの特長として、以下が挙げられます。

超高解像度の発現解析によって、ゲノム全体の既知転写領域と予測される転写領域内にある850,000個以上のエクソンクラスターを解析（さらに詳しくはこちら）
転写産物の全長にわたってセンス鎖ターゲットを生成するランダムプライミング法を採用した、独自のGeneChip® Whole Transcript(WT)Assayと試薬キット（さらに詳しくはこちら）
ユーザ独自のさまざまなワークフローでデータを探索、解析する機会を提供する、柔軟性のあるデータ解析ソリューションと包括的なアノテーション

デザインのサマリー

プローブセット	約100万
エクソンクラスター	850,000
推定される完全長mRNAによるサポート	92,038 プローブセット
Ensembl転写産物によるサポート	195,943 プローブセット
ESTによるサポート	211,451 プローブセット
マウスまたはラットmRNAによるサポート	272,061 プローブセット
遺伝子予測によるサポート	875,666 プローブセット
プローブ選択領域	転写産物の全長
プローブ/プローブ選択領域	4¹
バックグラウンド補正方法	同じGC含量をもつ1,000のバックグラウンドプローブの中央値強度
アレイあたりのプローブセル総数	約4,000,000
ターゲットの方向性	センス鎖²
¹プローブ選択領域の長さと配列上の制約のため、約10パーセントのエクソンプローブセットではプローブが4未満となっています。 ²アレイ上にタイリングされているプローブはアンチセンスの方向でデザインされているため、センス鎖標識ターゲットをアレイにハイブリダイズさせる必要があります。本アレイはセンスターゲットを用いる必要性（標識サンプルがアレイにハイブリダイズされる）から、STアレイと呼ばれています。

Starter Pack

GeneChip® Exon Array システムを使って最適な実験結果を確実に得るために、初めてご使用になるお客様はStarter Packをご使用になられることを強くお薦め致します。各Starter Packの内容は以下のとおりです:

GeneChip® Rat Exon 1.0 ST Array, 30 arrays
GeneChip® WT Sense Target Labeling and Control Reagents, 30 reactions
トレーニング用アレイと試薬のセット
- GeneChip® Rat Exon 1.0 ST Array, 10 arrays
- GeneChip® WT cDNA Synthesis and Amplification Kit, 10 reactions
- GeneChip® WT Terminal Labeling Kit, 10 reactions
- GeneChip® Sample Cleanup Module, 30 reactions
- GeneChip® Eukaryotic Poly-A RNA Control Kit, 100 reactions
- GeneChip® Hybridization Control Kit, 30 reactions

詳細はこちらをご覧ください

New XRAY demos for exon expression analysis

View a two-minute demo on a typical workflow using Biotique's XRAY for the analysis of GeneChip® Exon Arrays
Windows Media Player | Quicktime
View a two-minute demo on the interpretation of GeneChip® Exon Array data from Biotique's XRAY
Windows Media Player | Quicktime

Exon アレイの文献リストはこちらをご覧ください。

Data Sheets

Exon Array System (pdf, 3.22MB)-Japanese Version

Exon Array System (pdf, 416 KB)

Technical Notes

Array Design for the Human Exon 1.0 ST Array (pdf, 348 KB)

Guide to Probe Logarithmic Intensity Error (PLIER) Estimation (pdf, 294 KB)

Application Notes

Whole-transcript Expression Analysis (pdf, 557 kb)

White Papers

Alternative Transcript Analysis Methods for Exon Arrays v1.1 (pdf, 79 KB)

Exon Array Background Correction v1.0 (pdf, 78 KB)

Exon Probeset Annotations and Transcript Cluster Groupings v1.0 (pdf, 87 KB)

Exon Related Changes FAQ (pdf, 268 KB)

Gene Signal Estimates from Exon Arrays v1.0 (pdf, 428 KB)

Quality Assessment of Exon and Gene 1.0 ST Arrays (pdf, 180 KB)

Publications

Publications and Reference for Affymetrix® GeneChip® Exon and Gene 1.0 ST Arrays (pdf, 289 KB)

Part #	Description	Includes
900820	GeneChip® Rat Exon 1.0 ST Array	Contains 2 arrays
900821	GeneChip® Rat Exon 1.0 ST Array	Contains 6 arrays
900822	GeneChip® Rat Exon 1.0 ST Array	Contains 30 arrays
900848	GeneChip® Rat Exon 1.0 ST Array Starter Pack	Contains 30 arrays and reagents sufficient for 30 reactions Additionally, the Starter Pack includes on-site training with the following arrays and reagents; GeneChip® Exon 1.0 ST Array, 10 pack GeneChip® WT cDNA Synthesis and Amplification Kit, 10 rxn GeneChip® WT Terminal Labeling Kit, 10 rxn GeneChip® Sample Cleanup Module, 30 rxn GeneChip® Eukaryotic Poly-A RNA Control Kit, ~100 rxn GeneChip® Hybridization Control Kit, 30 rxn

Related Products

Part #	Description	Includes
	Affymetrix® GeneChip® Command Console® Software	Available Via Download
	Affymetrix® Expression Console™ Software	Available Via Download
	Ambion® WT Expression Kit
900720	GeneChip® Hybridization, Wash, and Stain Kit	Sufficient for 30 reactions
00-0211	GeneChip® Scanner 3000 7G with Workstation
00-0079	GeneChip® Fluidics Station 450

FAQs

Exon Array Analysis

Exon Array Design

Manuals

Ambion® WT Expression Kit (pdf, 1.14 MB)

Expression Wash, Stain and Scan User Manual for Cartridge Arrays (pdf, 5.41 MB)

WT Terminal Labeling and Hybridization for use with the Ambion® WT Expression Kit (pdf, 447 KB)

Quick Reference Cards

QC Metrics for Exon and Gene Design Expression Arrays (pdf, 123 KB)

Sample Data

Exon 1.0 ST Array Dataset

Array Comparisons

Comparison Spreadsheets User's Guide (pdf, 82 KB)

Rat 230 to Rat Exon 1.0 ST, Best Match (zip, 570 KB)

Rat 230 to Rat Exon 1.0 ST, Complex Match (zip, 1.6 MB)

Rat 230 to Rat Exon 1.0 ST, Good Match (zip, 606 KB)

Rat 230 to Rat Exon 1.0 ST, No Match (zip, 720 KB)

Rat Exon 1.0 ST to Rat Gene 1.0 ST, Best Match (zip 865 KB)

Rat Exon 1.0 ST to Rat Gene 1.0 ST, Complex Match (zip 4.9 MB)

Rat Exon 1.0 ST to Rat Gene 1.0 ST, Good Match (zip 1.0 MB)

Rat Exon 1.0 ST to Rat Gene 1.0 ST, No Match (zip 4 KB)

Library Files

Rat Exon 1.0 ST Array Analysis (zip, 102 MB)

Rat Exon 1.0 ST Array Probeset, and Meta Probeset Files, core, full, extended and comprehensive rn3 (zip, 8.8 MB)

Rat Exon 1.0 ST Array Probeset, and Meta Probeset Files, core, full, extended and comprehensive rn4 (zip, 8.1 MB)

Rat Exon 1.0 ST Array, GCOS (zip, 3.3 MB)

Unsupported Rat Exon 1.0 ST Array CDF File (zip, 89 MB)

Package Inserts

Rat Exon 1.0 ST Array (pdf, 521 KB)

Alignment, Annotation, and Sequence Files

Information about using Alignment, Annotation, and Sequence files

IGB Annotation Files

Annotations, Rn4, BGN Format

RaEx_1_0-st-v2 Annotations, Rn3/Build 3.1, BGN

Note: The IGB BGN annotation files can be used to load up transcript cluster, probeset, and probe level annotations for the Affymetrix GeneChip® Arrays into IGB. These files allow the user to quickly load a whole chromosome of annotations. For visualizing smaller genic regions the NetAffx IGB links should be used.

Design Time Annotation Files

RaEx-1_0-st-v1 Annotations, Full, Rn3, GFF (222 MB, 2/10/06)

RaEx-1_0-st-v1 Annotations, Probeset, Rn3, CSV (32 MB, 10/6/06)

RaEx-1_0-st-v1 Annotations, Probeset, Rn4, CSV (32 MB, 11/27/06)

RaEx-1_0-st-v1 Design Time Annotations, Full, Rn4, GFF Format (222 MB, 10/9/06)

RaEx-1_0-st-v1 Mappings, TSV (1.5 MB, 3/8/06)

RaEx-1_0-st-v1 Transcript Cluster ID Mappings to Rat 230 (168 KB, 8/28/06)

Note: For gene level analysis you will need to download one of the probeset level annotation zip files (CSV) to get the meta-probeset lists. None of these files contain textual biological annotations such as gene name or GO annotations; textual biological information can be found in the NetAffx Transcript CSV file. The design time Probeset CSV file provides information about the probeset such as genome coordinate and supporting annotation types. This is a subset of information found in the NetAffx Probeset CSV file. The Probeset CSV file is also a subset of the Full GFF files which contain transcript cluster, exon cluster, probeset, and probe level annotations. The GFF files also contain information about the specific annotations supporting each of the probesets. For example, use the Full GFF files for pulling design time information into a local database. The Mappings TSV file contains mappings between other arrays and annotations.

The transcript cluster mapping files provide gene level mappings between 3' IVT probesets and exon array transcript cluster IDs.

Current NetAffx Annotation Files

RaEx-1_0-st-v1 Probeset Annotations, CSV Format, Release 32 (47 MB, 6/23/11)

RaEx-1_0-st-v1 Transcript Cluster Annotations, CSV, Release 32 (18 MB, 6/23/11)

Note: NetAffx annotation files are intended for use in automated analysis. Some are not compatible with all spreadsheet applications. Please use the NetAffx Analysis Center to limit download data to your probe sets of interest. Annotation CSV files for the exon arrays are split into a probe set-level annotation file and a transcript cluster-level annotation file; exon array CSV files are compatible with ExACT.