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GeneChip^® Rat Genome 230 2.0 Array

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GeneChip® Rat Genome 230 2.0 Arrayは毒物学や神経生物学などの研究分野で、ラットをモデル生物として用いる際のパワフルなツールです。

アレイ1枚上にラットゲノム転写産物を網羅的にカバー
31,000以上のプローブセットから成り、28,000以上のラット既知遺伝子からの30,000を超える転写産物および変異体を解析
NetAffx™ Analysis Centerを通じて利用できるすぐれたバイオインフォマティクスツールで、生物学的に有意義な結果を迅速に入手
ラットゲノムの公開ドラフトや主要なラット公開データベースをもとに配列をさらに正確にし、高品質のデータアウトプットを提供

アレイプロフィール

GeneChip Rat Genome 230 2.0 Arrayには、GeneChip Rat Expression Set 230に搭載されている全プローブセットが含まれています。GeneChip Rat Genome 230 2.0 Arrayのデザインに使用された塩基配列は、GenBank®、dbEST、RefSeqから選択した配列に由来しています。配列クラスターは、UniGeneデータベース（Build 99、2002年6月）から作製し、公開されているBaylor College of Medicine Human Genome Sequencing Centerのラットゲノムのドラフト配列（2002年6月）との解析や比較を経て改良されています。

GeneChip Rat Genome 230 2.0 Array には、GeneChip Rat Genome U34 Set に搭載されていた塩基配列とESTクラスターに関連した、RefSeqデータベースの塩基配列およびプローブセットが含まれています。

各対応配列に相補的なオリゴヌクレオチドプローブは、in situでアレイ上に合成しています。11対のオリゴヌクレオチドプローブを用いて、GeneChip® Rat Genome 230 2.0 Array上の各配列に対応する転写レベルを測定します。

解析に必要な機器およびソフトウェア

*2003年9月以降に出荷された、502で始まるシリアル番号のGeneChip®Scanner3000は、すべて高解像度タイプのGCS3000です。501で始まるシリアル番号の旧バージョンスキャナーをお持ちの方は、Rat Genome 230 2.0 Arrayを解析する際には、高解像度タイプへのアップデートが必要です。GCS3000スキャナーの高解像度タイプへのアップデートについては、弊社までお問合せください。また、GeneArray® 2500 Scannerをお持ちのお客様は、GCS3000へのアップグレードが必要となります。別途ご相談ください。

Data Sheets

Rat Genome 230 2.0 Array (pdf, 106 KB) - Japanese Version

Rat Genome 230 2.0 Arrays and HT Rat Focus Array Plates (pdf, 1.0 MB)

Technical Notes

GeneChip® Expression Platform: Comparison, Evolution, and Performance (pdf, 269 KB)

Part #	Description	Includes
900505	GeneChip® Rat Genome 230 2.0 Array	Contains 2 arrays
900506	GeneChip® Rat Genome 230 2.0 Array	Contains 6 arrays
900507	GeneChip® Rat Genome 230 2.0 Array	Contains 30 arrays

Required Products

Part #	Description	Includes
00-0211	GeneChip® Scanner 3000 7G	Enabled for High-Resolution Scanning

Related Products

Part #	Description	Includes
	Assays and Reagents	See Product Page

FAQs

Gene Expression Arrays

Rat Genome 230 2.0 Array

Manuals

3' IVT Express Kit User Manual (pdf, 1.17 MB)

Alignment Data in PSL Format

Expression Analysis Technical Manual, with Specific Protocols for Use with the Hybridization, Wash, and Stain Kit (pdf, 1.70 MB)

HT 3' IVT Express Kit (pdf 8.41 MB)

Probe Set Data in MAGE-ML Format

Array Comparisons

Canine to RAE230, All (zip, 224 KB)

Canine to RAE230, Best Match (zip, 5 KB)

Canine to RAE230, Good Match (zip, 5 KB)

Canine to RAE230, No Match (zip, 42 KB)

Rat 230 to HG-U133 Plus, Best Match (zip, 1 KB)

Rat 230 to HG-U133 Plus, Complex (zip, 225 KB)

Rat 230 to HG-U133 Plus, Good Match (zip, 1 KB)

Rat 230 to HG-U133 Plus, No Match (zip, 79 KB)

Rat 230 to MGU74v2, Best Match (zip, 70 KB)

Rat 230 to MGU74v2, Complex (zip, 41 MB)

Rat 230 to MGU74v2, Good Match (zip, 72 KB)

Rat 230 to MGU74v2, No match (zip, 1 KB)

Rat 230 to Mouse 430, Best Match (zip, 103 KB)

Rat 230 to Mouse 430, Complex (zip, 25 MB)

Rat 230 to Mouse 430, Good Match (zip, 108 KB)

Rat 230 to Mouse 430, No Match (zip, 1KB)

Rat 230 to Rat Exon 1.0 ST, Best Match (zip, 570 KB)

Rat 230 to Rat Exon 1.0 ST, Complex Match (zip, 1.6 MB)

Rat 230 to Rat Exon 1.0 ST, Good Match (zip, 606 KB)

Rat 230 to Rat Exon 1.0 ST, No Match (zip, 720 KB)

Rat 230 to Rat Gene 1.0 ST, Best Match (zip, 272 KB)

Rat 230 to Rat Gene 1.0 ST, Complex Match (zip, 525 KB)

Rat 230 to Rat Gene 1.0 ST, Good Match (zip, 317 KB)

Rat 230 to Rat Gene 1.0 ST, No Match (zip, 39 KB)

RGU34 to Rat 230, Best Match (zip, 417 KB)

RGU34 to Rat 230, Complex (zip, 16 MB)

RGU34 to Rat 230, Good Match (zip, 425 KB)

RGU34 to Rat 230, No Match (zip, 1 KB)

RNU34 to Rat 230, Best Match (zip, 21 KB)

RNU34 to Rat 230, Complex (zip, 909 KB)

RNU34 to Rat 230, Good Match (zip, 23 KB)

RNU34 to Rat 230, No Match (zip, 1 KB)

RTU34 to Rat 230, Best Match (zip, 16 KB)

RTU34 to Rat 230, Complex (zip, 583 KB)

RTU34 to Rat 230, Good Match (zip, 18 KB)

RTU34 to Rat 230, No Match (zip, 1 KB)

Library Files

Rat Genome 230 2.0 Array (zip, 17 MB)

Package Inserts

Rat Genome 230 2.0 Array (pdf, 470 KB)

Alignment, Annotation, and Sequence Files

Information about using Alignment, Annotation, and Sequence files

NetAffx Alignment Files

Rat230_2 Alignments To Genome, PSL Format (3.0 MB, 11/17/06)

Current NetAffx Annotation Files

Rat230_2 Annotations, CSV format, Release 32 (9.3 MB, 6/9/11)

Rat230_2 Annotations, MAGE-ML XML Format, Release 32 (42 MB, 6/9/11)

Rat230_2 BLASTP annotations, CSV Format, Release 31 (59 KB, 8/11/10)

Rat230_2 Orthologs/Homologs, CSV Format, Release 32 (6.2 MB, 6/9/11)

Note: NetAffx annotation files are intended for use in automated analysis. Some are not compatible with all spreadsheet applications. Please use the NetAffx Analysis Center to limit download data to your probe sets of interest. Annotation CSV files for the exon arrays are split into a probe set-level annotation file and a transcript cluster-level annotation file; exon array CSV files are compatible with ExACT.