GeneChip^® Porcine Genome Array

Email | Print

GeneChip® Genome Arrayは、動物モデルであるブタの遺伝子発現解析に有用な新しいツールです。家畜のブタは重要な食料源であり、また、解剖学的および生理学的にヒトと多くの類似性があるため、医学研究に広く利用されます。特に、ブタは外傷治療、生殖疾患、癌、循環器疾患、糖尿病などの優れた研究モデルです。

GeneChip Porcine Genome Arrayにはおよそ23,256種類の転写産物を調べる23,937プローブセットが含まれており、20,201遺伝子に相当します。
Power of the Probe Set－この強力なプローブセットをツールとして利用すれば、１つの転写産物に対して複数の独立した測定が行えます。複数のプローブを用いることで、あらゆるマイクロアレイプラットフォームの中でも非常に高精度でしかも再現性の高い解析結果が得られます。
GeneChip® Systemは、豊富なデータと鋭い洞察力、さらに優れた解析評価能力を備えています。

アレイプロフィール

GeneChip® Porcine Genome Arrayはブタ（Sus scrofa）のトランスクリプトームを広範にカバーしています。このアレイには、20,201個のS. scrofa遺伝子に由来する23,256種類の転写産物を調べるための、23,937プローブセットが含まれます。

このアレイの塩基配列情報はUniGene Build 28（2004年8月）、GenBank® mRNAs（2004年8月24日まで）およびGenBankブタミトコンドリア塩基配列とrRNA塩基配列を含む公開されたデータを基に選択されています。プローブセットは11対のプローブセットをそれぞれ含んでいます。アレイフォーマットは100フォーマットで、フィーチャーサイズは11μmです。

解析に必要な機器およびソフトウェア

*GeneArray® 2500 Scannerをお持ちのお客様は、GCS3000へのアップグレードが必要となります。別途ご相談ください。

Porcine Genome Arrayは、Affymetrix GeneChip® Consortia Programの一環としてデザインされました。

Data Sheets

Porcine Genome Array (pdf, 428 KB)

Porcine Genome Array (pdf, 80 KB) - Japanese Version

Part #	Description	Includes
900623	GeneChip® Porcine Genome Array	Contains 2 arrays
900624	GeneChip® Porcine Genome Array	Contains 6 arrays
900625	GeneChip® Porcine Genome Array	Contains 30 arrays

Required Products

Part #	Description	Includes
00-0211	GeneChip® Scanner 3000 7G with Workstation
	GeneChip® Operating Software	Available Via Download

FAQs

Gene Expression Arrays

Manuals

3' IVT Express Kit User Manual (pdf, 1.17 MB)

Expression Analysis Technical Manual, with Specific Protocols for Use with the Hybridization, Wash, and Stain Kit (pdf, 1.70 MB)

HT 3' IVT Express Kit (pdf 8.41 MB)

Probe Set Data in MAGE-ML Format

Array Comparisons

Comparison Spreadsheets User's Guide (pdf, 82 KB)

Porcine to HG-U133 Plus, Best Match (zip, 109 KB)

Porcine to HG-U133 Plus, Complex (zip, 596 KB)

Porcine to HG-U133 Plus, Good Match (zip, 112 KB)

Porcine to HG-U133 Plus, No Match (zip, 28 KB)

Library Files

Porcine Genome Array (zip, 13 MB)

Package Inserts

Porcine Genome Array (pdf, 493 KB)

Alignment, Annotation, and Sequence Files

Information about using Alignment, Annotation, and Sequence files

Current NetAffx Annotation Files

Porcine Annotations, CSV format, Release 32 (3.7 MB, 6/22/11)

Porcine Annotations, MAGE-ML XML Format, Release 32 (18 MB, 6/22/11)

Porcine BLASTP annotations, CSV Format, Release 32 (1.2 KB, 6/9/11)

Note: NetAffx annotation files are intended for use in automated analysis. Some are not compatible with all spreadsheet applications. Please use the NetAffx Analysis Center to limit download data to your probe sets of interest. Annotation CSV files for the exon arrays are split into a probe set-level annotation file and a transcript cluster-level annotation file; exon array CSV files are compatible with ExACT.