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GeneChip^® Mouse Gene 1.0 ST Array

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2009年8月より、新しいWTアッセイが始まりました>>

GeneChip® Mouse Gene 1.0 ST Arrayは、転写産物の全長をカバーするアフィメトリクスを発現解析アレイファミリーに加わった最新の製品です。28,853の各遺伝子は、その全長にわたって分布する約27個のプローブによってアレイ上に表現されており、3'ベースの発現解析アレイデザインよりも、さらに完全かつ正確な遺伝子発現像を調べることができます。アレイのフォーマットが小さいため、新規のマイクロアレイユーザーにとってはコストパフォーマンスの優れた発現プロファイリングソリューションとなります。センスDNAターゲットは、100ngという少量のトータルRNAから調製されます。

Gene 1.0 ST Arrayは、Whole Transcript（WT) Sense Target Labeling and Control Reagents、Fluidics、スキャニング装置、ならびに基本解析ソフトウェアなどを含む、遺伝子発現解析用の完成されたソリューションの一部です。このアレイには、アノテーションの充実した遺伝子の最新コンテンツが含まれており、シンプルなワークフローを使って、データの解析を行えます。

Gene 1.0 ST Arrayは、Mouse Exon 1.0 ST Array のプローブの一部を利用しており、十分なアノテーションの付いたコンテンツのみをカバーしています。Exon 1.0 ST Arrayと同様に、「遺伝子レベル」の解析では、異なるエクソンに対応する複数のプローブのデータが、同一の遺伝子からの全転写産物に対する発現値にまとめられます。

Array Coverage

GeneChip® Mouse Gene 1.0 ST Arrayは、特徴が明らかな遺伝子について、ゲノム全体の遺伝子レベルの発現解析を可能にします。28,000以上の遺伝子レベルのプローブセットから構成され、75万以上の25-merオリゴヌクレオチドプローブセルから成る、1枚のGeneChip®ブランドのアレイです。

Mouse Gene 1.0 のデザインは、主に、既知遺伝子の十分な証拠を持つエクソンにマッピングすることができる、GeneChip® Mouse Exon 1.0 ST Array プローブのサブセットに基づいています。そのため Expressed Sequence Tag（EST）や、RefSeq XMに基づく新規発見のためのコンテンツは、Mouse Gene 1.0 ST Arrayでは調べることができません。しかし、予測されるEnsembl EnsGene転写産物は、他のEnsGeneコンテンツとともに含まれています。

このアレイのデザインは、以下のデータベースから得られた配列と遺伝子アノテーションに基づいており、プローブを遺伝子レベルのプローブセットにまとめるのに用いられます。これら配列は、Mouse Exon 1.0 ST Array上には存在しない新しい追加プローブを選択するのに利用されている場合もあります。

2006年2月公開のマウスゲノム配列（UCSC mm8, NCBI build 36）
RefSeq NM（curated とprovisionalでpredictedの配列は含まない）mRNA配列（19,719個の配列）。2007年4月3日現在
GenBank®のタンパク質をコードする完全長mRNA（353,257個の配列）。2006年11月13日現在
マウスEnsembl転写産物。2007年4月3日現在（35,882個の転写産物）
ヒト（68,820個の配列）およびラット（20,409個の配列）からのシンテニー・マッピングされた完全長RNAとRefSeq NM

More Information

Gene 1.0 ST Arrayによる発現解析のシステム全体に関する詳細はこちら

Data Sheets

Gene 1.0 ST Array System for Human, Mouse and Rat (pdf, 3.07 MB)-Japanese Version

Gene 1.0 ST Array System for Human, Mouse and Rat (pdf, 436 KB)

Technical Notes

Gene 1.0 ST Array Design (pdf, 324 KB)

White Papers

Quality Assessment of Exon and Gene 1.0 ST Arrays (pdf, 180 KB)

Whole Transcript (WT) Sense Target Labeling Assay Performance (pdf, 652 KB)

Publications

Publications and Reference for Affymetrix® GeneChip® Exon and Gene 1.0 ST Arrays (pdf, 289 KB)

GeneChip^® Mouse Gene 1.0 ST Array

Part #	Description	Includes
901168	GeneChip® Mouse Gene 1.0 ST Array	Contains 2 arrays
901169	GeneChip® Mouse Gene 1.0 ST Array	Contains 6 arrays
901171	GeneChip® Mouse Gene 1.0 ST Array	Contains 30 arrays

Related Products

Part #	Description	Includes
	Affymetrix® GeneChip® Command Console® Software	Available Via Download
	Affymetrix® Expression Console™ Software	Available Via Download
	Ambion® WT Expression Kit
900720	GeneChip® Hybridization, Wash, and Stain Kit	Sufficient for 30 reactions
00-0211	GeneChip® Scanner 3000 7G with Workstation
00-0079	GeneChip® Fluidics Station 450

FAQs

Gene 1.0 ST Array

Manuals

Ambion® WT Expression Kit (pdf, 1.14 MB)

Expression Wash, Stain and Scan User Manual for Cartridge Arrays (pdf, 5.41 MB)

WT Terminal Labeling and Hybridization for use with the Ambion® WT Expression Kit (pdf, 447 KB)

Quick Reference Cards

QC Metrics for Exon and Gene Design Expression Arrays (pdf, 123 KB)

Sample Data

Gene 1.0 ST Array Data Set

Array Comparisons

Comparison Spreadsheets User's Guide (pdf, 82 KB)

Mouse 430 to Mouse Gene 1.0 ST, Best Match (zip, 485 KB)

Mouse 430 to Mouse Gene 1.0 ST, Complex Match (zip, 1.2 MB)

Mouse 430 to Mouse Gene 1.0 ST, Good Match (zip, 649 KB)

Mouse 430 to Mouse Gene 1.0 ST, No Match (zip, 36 KB)

Mouse Exon 1.0 ST to Mouse Gene 1.0 ST, Best Match (zip, 599 KB)

Mouse Exon 1.0 ST to Mouse Gene 1.0 ST, Complex Match (zip, 6.7 MB)

Mouse Exon 1.0 ST to Mouse Gene 1.0 ST, Good Match (zip, 820 KB)

Mouse Exon 1.0 ST to Mouse Gene 1.0 ST, No Match (zip, 3 KB)

Library Files

Mouse Gene 1.0 ST Array, Analysis (zip, 20 MB)

Mouse Gene 1.0 ST Array, GCOS (2.3 MB)

Probe BED File

Unsupported Mouse Gene 1.0 ST Array CDF Files (zip, 13 MB)

Package Inserts

Mouse Gene 1.0 ST Array (pdf, 156 KB)

Alignment, Annotation, and Sequence Files

Information about using Alignment, Annotation, and Sequence files

NetAffx Alignment Files

MoGene-1_0-st-v1 BED File (14 MB, 1/9/09)

Design Time Annotation Files

MoGene-1_0-st-v1 Design Time Annotations, Full, GFF Format (25 MB, 3/12/08)

Note: For gene level analysis you will need to download one of the probeset level annotation zip files (CSV) to get the meta-probeset lists. None of these files contain textual biological annotations such as gene name or GO annotations; textual biological information can be found in the NetAffx Transcript CSV file. The design time Probeset CSV file provides information about the probeset such as genome coordinate and supporting annotation types. This is a subset of information found in the NetAffx Probeset CSV file. The Probeset CSV file is also a subset of the Full GFF files which contain transcript cluster, exon cluster, probeset, and probe level annotations. The GFF files also contain information about the specific annotations supporting each of the probesets. For example, use the Full GFF files for pulling design time information into a local database. The Mappings TSV file contains mappings between other arrays and annotations.

Current NetAffx Annotation Files

MoGene-1_0-st-v1 Probeset Annotations, CSV Format, Release 32 (7.8 MB, 7/1/11)

MoGene-1_0-st-v1 Transcript Cluster Annotations, CSV, Release 32 (13 MB, 6/23/11)

Note: NetAffx annotation files are intended for use in automated analysis. Some are not compatible with all spreadsheet applications. Please use the NetAffx Analysis Center to limit download data to your probe sets of interest. Annotation CSV files for the exon arrays are split into a probe set-level annotation file and a transcript cluster-level annotation file; exon array CSV files are compatible with ExACT.