GeneChip® Mouse Promoter 1.0R Array

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※　この製品は、2011年6月以降、在庫がなくなり次第、カタログ製品から受注生産品へ移行します。詳しくはこちらをご覧ください。

1枚のアレイで25,500以上のマウスプロモーターにおけるタンパク質／DNA相互作用を解析

  • 35 bpという高密度なプローブ間隔によってプロモーター1つあたりにより多くのプローブを用いているので、非常に正確なタンパク質／DNA相互作用の測定が可能となっております。
  • 各プロモーター領域について10 kbという広範な領域がカバーされており、極めて包括的なプロモーター解析を確実に行えます。
  • 25 merのプローブによって特異的なハイブリダイゼーション結果が得られます。
  • 1枚のアレイにデザインされており、経済的です。

GeneChip®Mouse Promoter　1.0R Arrayは、クロマチン免疫沈降（ChIP）法用にデザインされた製品です。このMouse Promoter Arrayでは、1枚のアレイ上に28,000以上のマウスプロモーター領域を調べるための460万以上のプローブが搭載されています。Mouse Promoter アレイのデザインに使われている配列は、NCBIマウスゲノムアセンブリ（バージョン33）から選択されたものです。なお、反復配列はRepeatMaskerによって取り除かれています。プロモーター領域は以下の配列情報を用いて選択されています：

  • 33,299個のENSEMBL遺伝子（バージョン 30_33f, 2005年3月23日）
  • 18,167個のRefSeq  mRNA（NCBI GenBank®、 2005年4月7日）
  • 27,707個の完全長 CDS mRNA （NCBI GenBank® 2005年4月7日）

Mouse Promoter 1.0R Array用に選択された配列は、全ゲノムChiPアレイセット(Mouse Tiling 2.0R Array セット)に使用されているものの一部です。

各プローブは、隣接するオリゴ（25 mer）の中心間の距離が平均35 bpという分解能でタイリングされており、プローブ間には約10 bpのギャップが残されています。各プロモーター領域には、 5' 転写開始部位の約 7.5 kb 上流から約 2.45 kb 下流までをカバーしています。

解析に必要な機器およびソフトウエア


Part # Description Includes
900889 GeneChip® Mouse Promoter 1.0R Array 2 Arrays
900890 GeneChip® Mouse Promoter 1.0R Array 6 Arrays
900891 GeneChip® Mouse Promoter 1.0R Array 30 Arrays

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Affymetrix® Tiling Analysis Software Available Via Download
Integrated Genome Browser (IGB) Available Via Download