モデル生物および各種応用研究用生物解析用GeneChip® Gene 1.0 ST Arrayを使用して、GeneChip® Gene 1.0 ST Arrayを使用して、GeneChip® Scanner 3000 7G を用いた発現解析を行うことができます。
モデル生物および応用研究用生物は、比較ゲノム研究、進化生物学に有用であり、ヒト疾患や農作物改良の基礎となる分子機序を解明するうえで、きわめて重要な役割を果たし続けています。GeneChip Gene 1.0 ST Array は、広範なモデル生物および応用研究用生物の解析用に開発されました。これらの生物は、全転写産物領域をカバーするアフィメトリクスの遺伝子発現解析マイクロアレイのラインナップにも新たに追加されています。本製品は、ロスリン研究所の遺伝学およびゲノミクス部門長 Alan Archibald氏（ブタのアレイ設計）、ボストン小児病院およびハーバード大学医学部の幹細胞研究プログラムのディレクター Leonard Zon氏、幹細胞研究プログラムの遺伝学コアディレクター Yi Zhou氏 （ゼブラフィッシュのアレイ設計）など、有力な研究者と共同でデザインされました。
特長
- 最高の転写産物カバー率－転写産物あたり最大26種類のプローブにより、十分に精査されたアノテーション付きのコンテンツについて信頼性の高い発現量測定値が得られます。
- 全トランスクリプトーム解析－3' バイアスの発現デザインでは、見落とされる恐れのある転写産物アイソフォームを捕捉できます。
- 高いデータ相関性－アレイストリップ間およびアレイストリップ内の高いシグナル相関（R＞0.99）を実現しています。
業界標準により証明された性能
GeneChip Gene 1.0ST Array は、厳選されたモデル生物および応用生物研究用について、全転写産物領域をカバーしています。デザインはすべて最新のゲノムコンテンツに基づいており、完全長の遺伝子あたり最大26種類のプローブを配置して、最高のカバー率を提供しています。これにより、全転写産物のマイクロアレイ解析で正確な検出を実現し、市販されている他の従来の3'バイアスのマイクロアレイソリューションよりも高い解像度と精度を提供しています。全転写産物発現解析法を用いると、複数の転写産物アイソフォームの検出が可能になります。こうしたアイソフォームには、スプライシングバリアント、ポリアデニル化されない転写産物、選択的ポリアデニル化部位を有する転写産物、切断された転写産物など、3' バイアスマイクロアレイでは見落とされるかもしれないものも含まれます。
アレイ性能の最適化に必要な試薬、ソフトウェア、装置をすべて備えたソリューション
Gene 1.0 ST Array は、利便性と全面的サポートを実現するために、Affymetrix の試薬および装置を含む包括的ソリューションの一部として提供されています。
- GeneChip® WT Sense Target Labeling and Control Reagents。アッセイの手順および性能に関する詳しい情報については、WT Sense Target Labeling Assay Manual をご覧ください。
- アレイの洗浄・染色処理でまったく手間をかけずに最高レベルの再現性を実現する GeneChip® Fluidics Station 450
- Autoloader（オプション）を備えたイメージ取得用のGeneChip® Scanner 3000 ７G。
アフィメトリクスでは、Affymetrix® Expression Console™ソフトウェア、NetAffx™ Analysis Center、 Integrated Genome Browser（IGB）など、お客様のデータ解析に役立つツールを提供しています。
Expression Console Software は、プローブセットのシグナル算出やデータ品質の予備評価を可能にする使い勝手の良いアプリケーションです。ワークフローがシンプルで、データ解析を迅速に行うことができます（図を参照）。結果として得られたデータをさらに解析するために、Affymetrix GeneChip®-compatible™ソフトウェアプロバイダーが提供するソフトウェアアプリケーションの仕様が可能です。
NetAffx Analysis Center は、プローブセットの生物学的および機能的アノテーションを備え、しかも定期的に更新されることから、アレイアノテーションとプローブ配列情報に関して、最も包括的なデータソースとなっています。柔軟性の高い検索ツールと外部リンクにより、ご興味のある遺伝子およびアノテーションについて掘り下げて調べることができます。このリソースを用いれば、マイクロアレイ結果の解釈と、後に続く研究の迅速なデザインを容易に行うことができます。
ワークフロー
IGBを使用すると、ゲノムコンテキストとｓｈちえ結果を視覚化することもできます。RefSeq配列、SNP、さまざまなソースから得られるゲノム位置情報などのゲノムアノテーションを、マイクロアレイの遺伝子発現シグナルデータと同時にみることができます。
Gene 1.0 ST Array のデータ解析のワークフローは、3'遺伝子発現解析と同様で、Expression Console 1.1、他社のGeneChip®-compatible™ソフトウェア、およびNetAffx™ Analysis CenterやIGBなどのアノテーションツールを利用します。
Array Comparison
GeneChip Gene 1.0 ST Array を使用すると
- 遺伝子全体にわたる発現量を、従来の3'バイアスによるマイクロアレイソリューションよりも高い解像度と精度で測定できます。
- 転写産物ごとに多数の独立した測定値を用いることによって、正確で再現性のあるデータが得られます。
Array strip content source (view table)
コンテンツプロファイル
GeneChip Gene 1.0 ST Array は、最新のゲノム転写産物カバー率を提供します。網羅的に集められた情報源を利用してデザインされたプローブは、転写産物あたり最大26種類の固有配列を測定します。これら26種類の固有配列をもつ25塩基長プローブは、合計で転写産物あたり最大650 塩基をカバーすることになります。転写産物全体にわたるこの高いプローブカバー率により、優れた性能とデータ信頼性を実現するとともに、各ゲノムとトランスクリプトームへの理解の進展に伴って、お客様の実験データを更新することもできます。
本製品は試験研究用です。診断の目的には使用できません。
現在、この製品に関する資料はございません。詳細については、supportjapan@affymetrix.comまでお問合せください。
| Part # | Description | Includes |
|---|---|---|
Related Products
Manuals
Ambion® WT Expression Kit (pdf, 1.14 MB)
WT Terminal Labeling and Hybridization for use with the Ambion® WT Expression Kit (pdf, 425 KB)
Sample Data
Human, Mouse and Rat Gene 1.1 ST Array Plate Tissue Sample Data (zip, 140 MB)
Library Files
Cynomolgus-Rhesus Gene 1.1 ST Array
Package Inserts
6X Hybridization Module for WT Array Plates (pdf, 201 KB)
Human Gene 1.1 ST Array Plates (pdf, 678 KB)
Alignment, Annotation, and Sequence Files
Information about using Alignment, Annotation, and Sequence files
NetAffx Alignment Files
AraGene-1_0-st-v1 BED File (11 MB, 5/9/12)
BovGene-1_0-st-v1 BED File (6.4 MB, 5/9/12)
RheGene-1_0-st-v1 BED File (8.1 MB, 5/9/12)
ZebGene-1_0-st-v1 BED File (19 MB, 5/9/12)
Design Time Annotation Files
AraGene-1_0-st Design Time Annotations, Probeset, CSV Format (5.4 MB, 1/11/12)
BovGene-1_0-st Design Time Annotations, Probeset, CSV Format (5.7 MB, 1/11/12)
CanGene-1_0-st Design Time Annotations, Probeset, CSV Format (7.6 MB, 1/11/12)
ChiGene-1_0-st Design Time Annotations, Probeset, CSV Format (5.0 MB, 1/11/12)
CynGene-1_0-st-v1 Design Time Annotations, Probeset, CSV Format (8.5 MB, 2/9/12)
CyRGene-1_0-st Design Time Annotations, Probeset, CSV Format (9.0 MB, 1/11/12)
EquGene-1_0-st Design Time Annotations, Probeset, CSV Format (5.2 MB, 1/11/12)
FelGene-1_0-st Design Time Annotations, Probeset, CSV Format (5.2 MB, 1/11/12)
FinGene-1_0-st Design Time Annotations, Probeset, CSV Format (4.3 MB, 1/11/12)
MarGene-1_0-st Design Time Annotations, Probeset, CSV Format (8.5 MB, 1/11/12)
MedGene-1_0-st Design Time Annotations, Probeset, CSV Format (4.6 MB, 1/11/12)
OviGene-1_0-st Design Time Annotations, Probeset, CSV Format (5.1 MB, 1/11/12)
PorGene-1_0-st Design Time Annotations, Probeset, CSV Format (4.4 MB, 1/11/12)
RCnGene-1_0-st-v1 Design Time Annotations, Probeset, CSV Format (5.9 MB, 1/11/12)
RheGene-1_0-st Design Time Annotations, Probeset, CSV Format (8.5 MB, 1/11/12)
RJpGene-1_0-st-v1 Design Time Annotations, Probeset, CSV Format (7.3 MB, 1/11/12)
RUSGene-1_0-st-v1 Design Time Annotations, Probeset, CSV Format (7.9 MB, 1/11/12)
ZebGene-1_0-st Design Time Annotations, Probeset, CSV Format (11 MB, 1/11/12)
Note: For gene level analysis you will need to download one of the probeset level annotation zip files (CSV) to get the meta-probeset lists. None of these files contain textual biological annotations such as gene name or GO annotations; textual biological information can be found in the NetAffx Transcript CSV file. The design time Probeset CSV file provides information about the probeset such as genome coordinate and supporting annotation types. This is a subset of information found in the NetAffx Probeset CSV file. The Probeset CSV file is also a subset of the Full GFF files which contain transcript cluster, exon cluster, probeset, and probe level annotations. The GFF files also contain information about the specific annotations supporting each of the probesets. For example, use the Full GFF files for pulling design time information into a local database. The Mappings TSV file contains mappings between other arrays and annotations.
Current NetAffx Annotation Files
AraGene-1_0-st-v1 Probeset Annotations, CSV Format, Release 32 (4.5 MB, 5/4/12)
BovGene-1_0-st Probeset Annotations, CSV Format, Release 32 (5.1 MB, 3/22/12)
RheGene-1_0-st-v1 Probeset Annotations, CSV Format, Release 32 (5.1 MB, 5/4/12)
ZebGene-1_0-st Probeset Annotations, CSV Format, Release 32 (7.6 MB, 3/22/12)
AraGene-1_0-st-v1 Transcript Cluster Annotations, CSV, Release 32 (4.7 MB, 5/4/12)
BovGene-1_0-st Transcript Cluster Annotations, CSV, Release 32 (4.0 MB, 3/22/12)
RheGene-1_0-st-v1 Transcript Cluster Annotations, CSV, Release 32 (2.1 MB, 5/4/12)
ZebGene-1_0-st Transcript Cluster Annotations, CSV, Release 32 (5.1 MB, 3/22/12)
Note: NetAffx annotation files are intended for use in automated analysis. Some are not compatible with all spreadsheet applications. Please use the NetAffx Analysis Center to limit download data to your probe sets of interest. Annotation CSV files for the exon arrays are split into a probe set-level annotation file and a transcript cluster-level annotation file; exon array CSV files are compatible with ExACT.
