モデル生物および各種応用研究用生物は、比較ゲノム研究、進化生物学に有用であり、ヒト疾患、および農作物改良の基礎にある分子機序の解明にきわめて重要な役割を果たし続けています。本製品は、広範なモデル生物および応用研究用生物の解析用に開発されました。これらの生物は、全転写産物領域をカバーするAffymetrix®Gene Expression Microarrayのラインナップに追加されました。
特長
- 最高の転写産物カバー率 ― 転写産物あたり最大26種類のプローブにより、十分に精査されたアノテーションが付いたコンテンツの信頼性の高い発現量測定値が得られます。
- 全トランスクリプトーム解析 ― 3’バイアスの発現デザインでは見落とされる可能性のある転写産物アイソフォームを捕捉できます。
- 高いデータ相関性 ― アレイストリップ間およびアレイストリップ内の高いシグナル相関（R＞0.99）を実現しています。
- 利便性の高いフォーマット ― 手作業による最小限のアレイ処理で、同時に4つのサンプルを処理できます。
- 単純化されたワークフロー ― ターゲット調製からパスウェイ解析まで、作業を合理化でき、データ解析用ソフトウェアは直観的に使用できます。
業界標準により証明された性能
Array Strips
Affymetrix Gene 1.1 ST Array Stripは、選択されたモデル生物および応用研究用生物について全転写産物領域をカバーしています。デザインはすべて最新のゲノムコンテンツに基づいており、完全長の遺伝子あたり最大26種類のプローブを配置して、最高のカバー率を提供しています。これにより、全転写産物発現解析のための正確な検出が実現し、市販されている従来の3’バイアスのマイクロアレイソリューションよりも高い分解能および精度を提供しています。全転写産物発現解析法を用いれば、複数の転写産物アイソフォームを検出することが可能になります。こうしたアイソフォームには、スプライシングバリアント、ポリアデニル化されない転写産物、選択的ポリアデニル化部位を有する転写産物、切断された転写産物など、3’バイアスマイクロアレイでは見落とされる可能性のあるものが含まれます。
Array Comparison
Affymetrix Gene 1.1 ST Array Stripは、GeneAtlas® System用途のみにデザインされています。GeneAtlas® Systemは、初のパーソナルマイクロアレイシステムであり、4つのサンプルを並行して処理できます。低価格、単純化されたワークフロー、使いやすさ、直観的に使えるソフトウェア、優れたパフォーマンスを兼ね備えた製品です。GeneAtlas Systemに関する詳細な情報は、www.affymetrix.com/geneatlas/jp/をご覧ください。
Affymetrix Gene 1.1 ST Array Stripは、使いやすい統合データ解析ソフトウェアによりサポートされています。このソフトウェアには、装置にてアレイストリップ処理を行うGeneAtlas® Instrument Control Software、品質管理および統計解析を実施するPartek® ExpressTM Software、パスウェイ解析、可視化、このほか生物学的背景でのデータ解釈を可能にする機能をもつAriadne Pathway StudioR Explore Softwareが含まれます。
Pathway Studio ExploreにはResNet® Mammalian Databaseが含まれます。このデータベースは、ヒト、マウス、ラットの塩基配列の解析をサポートしています。本ソフトウェアは、ResNet® Plant Databaseへのアクセスも提供します。こちらのデータベースは、シロイヌナズナ、イネ、ダイズに関するEntrezの遺伝子定義を含みますが、シロイヌナズナ以外は、それらの種特異的遺伝子の関係性データのみになります。ResNet Plant DatabaseのDVDは無料でご提供できます。DVD入手方法およびこれ以外の生物については、弊社営業部にお問合せください。
Gene 1.1 ST Array Stripにより以下の項目が可能になります。
- 遺伝子全体にわたる発現量を、従来の3’バイアスによるマイクロアレイよりも高い解像度と精度で測定できます。
- 転写産物ごとに多数の独立した測定値を用いることにより、正確かつ再現可能なデータが得られます。
- 費用効果の高いGeneAtlas Systemにより、単一のアレイストリップ上で4つのサンプルを処理できます。
Array strip content source (view table)
コンテンツプロファイル
Gene 1.1 ST Array Stripは、最新のゲノム転写物カバー率を提供します。総合的な情報源のコレクションを用いて、ユニークな塩基配列のプローブを転写産物1個あたり最高26のプローブが搭載されています。これらのユニークな25-merプローブは、合計で転写産物1個あたり最高650塩基のカバーに相当します。この全転写産物にわたる高いプローブカバー率により、優れたパフォーマンスとデータ信頼性が実現されているだけでなく、各ゲノムとトランスクリプトームへの理解の発展に伴った、実験データの更新も可能になっています。
本製品は試験研究用です。診断の目的には使用できません。
Data Sheets
Affymetrix® Gene 1.1 ST Array Strip (pdf, 958KB) - Japanese version
Gene 1.1 ST Array Strips for Human, Mouse, and Rat (pdf, 1.0 MB)
Model & applied research organisms Gene 1.1 ST Array Strips (pdf, 427 KB)
Technical Notes
Model and applied research organisms Gene 1.1 ST Array Strips
| Part # | Description | Includes |
|---|---|---|
| 901793 | Arabidopsis Gene 1.1 ST Array Strip | Contains 1 four-array strip and necessary hybridization, wash, and imaging trays |
| 901794 | Bovine Gene 1.1 ST Array Strip | Contains 1 four-array strip and necessary hybridization, wash, and scan trays |
| 901795 | Canine Gene 1.1 ST Array Strip | Contains 1 four-array strip and necessary hybridization, wash, and imaging trays |
| 901855 | Chicken Gene 1.1 ST Array Strip | Contains 1 four-array strip and necessary hybridization, wash, and imaging trays |
| 901932 | Cynomolgus-Rhesus Gene 1.1 ST Array Strip | Contains 1 four-array strip and necessary hybridization, wash, and imaging trays |
| 901832 | Cynomolgus-Rhesus Gene 1.1 St Array Strip | Contains 1 four-array strip and necessary hybridization, wash, and imaging trays |
| 901796 | Equine Gene 1.1 ST Array Strip | Contains 1 four-array strip and necessary hybridization, wash, and imaging trays |
| 901830 | Feline Gene 1.1 ST Array Strip | Contains 1 four-array strip and necessary hybridization, wash, and imaging trays |
| 901831 | Marmoset Gene 1.1 ST Array Strip | Contains 1 four-array strip and necessary hybridization, wash, and imaging trays |
| 901797 | Medicago Gene 1.1 ST Array Strip | Contains 1 four-array strip and necessary hybridization, wash, and imaging trays |
| 901829 | Ovine Gene 1.1 ST Array Strip | Contains 1 four-array strip and necessary hybridization, wash, and imaging trays |
| 901798 | Porcine Gene 1.1 ST Array Strip | Contains 1 four-array strip and necessary hybridization, wash, and imaging trays |
| 901799 | Rhesus Gene 1.1 ST Array Strip | Contains 1 four-array strip and necessary hybridization, wash, and imaging trays |
| 901800 | Rice (US) Gene 1.1 ST Array Strip | Contains 1 four-array strip and necessary hybridization, wash, and scan trays |
| 901856 | Rice (Jp) Gene 1.1 ST Array Strip | Contains 1 four-array strip and necessary hybridization, wash, and imaging trays |
| 901857 | Rice (Cn) Gene 1.1 ST Array Strip | Contains 1 four-array strip and necessary hybridization, wash, and imaging trays |
| 901801 | Soybean Gene 1.1 ST Array Strip | Contains 1 four-array strip and necessary hybridization, wash, and imaging trays |
| 901854 | Zebra Finch Gene 1.1 ST Array Strip | Contains 1 four-array strip and necessary hybridization, wash, and imaging trays |
| 901802 | Zebrafish Gene 1.1 ST Array Strip | Contains 1 four-array strip and necessary hybridization, wash, and imaging trays |
Related Products
Manuals
GeneAtlas™ WT Expression Kit, User Manual (pdf, 1.22 MB)
Library Files
Arabidopsis Gene 1.1 ST Array (zip, 19 MB)
Bovine Gene 1.1 ST Array (zip, 16.7 MB)
Canine Gene 1.1 ST Array (zip, 18 MB)
Chicken Gene 1.1 ST Array (zip, 15 MB)
Cynomolgus-Rhesus Gene 1.1 ST Array (zip, 22.7 MB)
Equine Gene 1.1 ST Array (zip, 16.3 MB)
Feline Gene 1.1 ST Array (zip, 19.1 MB)
Medicago Gene 1.1 ST Array (zip, 19 MB)
Ovine Gene 1.1 ST Array (zip, 16 MB)
Porcine Gene 1.1 ST Array (zip, 17 MB)
Rhesus Gene 1.1 ST Array (zip, 22.3 MB)
Rice, Chinese build Gene 1.1 ST Array
Rice, Japanese build Gene 1.1 ST Array
Rice, US build Gene 1.1 ST Array
Zebra Finch Gene 1.1 ST Array (zip, 14 MB)
Zebrafish Gene 1.1 ST Array (zip, 32 MB)
Package Inserts
Gene 1.1 ST Array Strip (pdf, 324 KB)
GeneAtlas™ Hybridization, Wash, and Stain Kit for WT Array Strips (pdf, 189 KB)
WT Terminal Labeling Kit (pdf, 259 KB)
Alignment, Annotation, and Sequence Files
Information about using Alignment, Annotation, and Sequence files
NetAffx Alignment Files
AraGene-1_1-st-v1 BED File (11 MB, 5/9/12)
BovGene-1_1-st-v1 BED File (6.4 MB, 5/9/12)
RheGene-1_1-st-v1 BED File (8.1 MB, 5/9/12)
ZebGene-1_1-st-v1 BED File (19 MB, 5/9/12)
Design Time Annotation Files
RCnGene-1_1-st-v1 Annotations, Full, 93-11, GFF (31 MB, 1/13/12)
MarGene-1_1-st Annotations, Full, calJac3, GFF (42 MB, 1/13/12)
CanGene-1_1-st Annotations, Full, canFam2, GFF (40 MB, 1/13/12)
EquGene-1_1-st Annotations, Full, equCab2, GFF (30 MB, 1/13/12)
FelGene-1_1-st Annotations, Full, felCat3, GFF (34 MB, 1/13/12)
ChiGene-1_1-st Annotations, Full, galGal3, GFF (27 MB, 1/13/12)
SoyGene-1_1-st-v1 Annotations, Full, Glyma1, GFF (61 MB, 1/13/12)
MedGene-1_1-st Annotations, Full, Mt2.0, GFF (31 MB, 1/13/12)
OviGene-1_1-st Annotations, Full, oarV2.0, GFF (28 MB, 1/13/12)
RUSGene-1_1-st-v1 Annotations, Full, osa1r6, GFF (45 MB, 1/13/12)
RJpGene-1_1-st-v1 Annotations, Full, RAP2, GFF (36 MB, 1/13/12)
RheGene-1_1-st Annotations, Full, rheMac2, GFF (49 MB, 1/13/12)
PorGene-1_1-st Annotations, Full, Sscrofa9, GFF (30 MB, 1/13/12)
FinGene-1_1-st Annotations, Full, taeGut1, GFF (23 MB, 1/13/12)
AraGene-1_1-st Annotations, Full, TAIR10, GFF (32 MB, 1/13/12)
BovGene-1_1-st Annotations, Full, UMD3.0, GFF (31 MB, 1/13/12)
ZebGene-1_1-st Annotations, Full, Zv9, GFF (65 MB, 1/13/12)
CyRGene-1_1-st Design Time Annotations, Full, GFF Format (53 MB, 1/13/12)
AraGene-1_1-st Design Time Annotations, Probeset, CSV format (5.4 MB, 10/31/11)
BovGene-1_1-st Design Time Annotations, Probeset, CSV format (5.7 MB, 10/31/11)
CanGene-1_1-st Design Time Annotations, Probeset, CSV format (7.6 MB, 10/31/11)
ChiGene-1_1-st Design Time Annotations, Probeset, CSV format (5.0 MB, 10/31/11)
CynGene-1_1-st-v1 Design Time Annotations, Probeset, CSV Format (8.5 MB, 2/9/12)
CyRGene-1_1-st Design Time Annotations, Probeset, CSV format (9.0 MB, 1/24/12)
EquGene-1_1-st Design Time Annotations, Probeset, CSV format (5.2 MB, 10/31/11)
FelGene-1_1-st Design Time Annotations, Probeset, CSV format (5.2 MB, 10/31/11)
FinGene-1_1-st Design Time Annotations, Probeset, CSV format (4.3 MB, 10/31/11)
MarGene-1_1-st Design Time Annotations, Probeset, CSV format (8.5 MB, 10/31/11)
MedGene-1_1-st Design Time Annotations, Probeset, CSV format (4.6 MB, 10/31/11)
OviGene-1_1-st Design Time Annotations, Probeset, CSV format (5.1 MB, 10/31/11)
PorGene-1_1-st Design Time Annotations, Probeset, CSV format (4.4 MB, 10/31/11)
RCnGene-1_1-st-v1 Design Time Annotations, Probeset, CSV format (5.9 MB, 10/31/11)
RheGene-1_1-st Design Time Annotations, Probeset, CSV format (8.5 MB, 10/31/11)
RJpGene-1_1-st-v1 Design Time Annotations, Probeset, CSV format (7.3 MB, 10/31/11)
RUSGene-1_1-st-v1 Design Time Annotations, Probeset, CSV format (7.9 MB, 10/31/11)
SoyGene-1_1-st-v1 Design Time Annotations, Probeset, CSV format (9.0 MB, 10/31/11)
ZebGene-1_1-st Design Time Annotations, Probeset, CSV format (11 MB, 10/31/11)
Note: For gene level analysis you will need to download one of the probeset level annotation zip files (CSV) to get the meta-probeset lists. None of these files contain textual biological annotations such as gene name or GO annotations; textual biological information can be found in the NetAffx Transcript CSV file. The design time Probeset CSV file provides information about the probeset such as genome coordinate and supporting annotation types. This is a subset of information found in the NetAffx Probeset CSV file. The Probeset CSV file is also a subset of the Full GFF files which contain transcript cluster, exon cluster, probeset, and probe level annotations. The GFF files also contain information about the specific annotations supporting each of the probesets. For example, use the Full GFF files for pulling design time information into a local database. The Mappings TSV file contains mappings between other arrays and annotations.
Current NetAffx Annotation Files
AraGene-1_1-st-v1 Probeset Annotations, CSV Format, Release 32 (4.5 MB, 5/4/12)
BovGene-1_1-st Probeset Annotations, CSV Format, Release 32 (5.1 MB, 3/22/12)
RheGene-1_1-st-v1 Probeset Annotations, CSV Format, Release 32 (5.1 MB, 5/4/12)
ZebGene-1_1-st Probeset Annotations, CSV Format, Release 32 (7.6 MB, 3/22/12)
AraGene-1_1-st-v1 Transcript Cluster Annotations, CSV, Release 32 (4.7 MB, 5/4/12)
BovGene-1_1-st Transcript Cluster Annotations, CSV, Release 32 (4.0 MB, 3/22/12)
RheGene-1_1-st-v1 Transcript Cluster Annotations, CSV, Release 32 (2.1 MB, 5/4/12)
ZebGene-1_1-st Transcript Cluster Annotations, CSV, Release 32 (5.1 MB, 3/22/12)
Note: NetAffx annotation files are intended for use in automated analysis. Some are not compatible with all spreadsheet applications. Please use the NetAffx Analysis Center to limit download data to your probe sets of interest. Annotation CSV files for the exon arrays are split into a probe set-level annotation file and a transcript cluster-level annotation file; exon array CSV files are compatible with ExACT.
Additional Support
Gene 1.1 ST Array Strips for model and applied research organisms (pdf, 446 KB)
