GeneChip® Human Promoter 1.0R Array

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※　この製品は、2011年6月以降、在庫がなくなり次第、カタログ製品から受注生産品へ移行します。詳しくはこちらをご覧ください。

1枚のアレイで25,500以上のヒトプロモーターにおけるタンパク質／DNA相互作用を解析

  • 35 bpという高密度なプローブ間隔によってプロモーター1つあたりにより多くのプローブを用いているので、極めて正確なタンパク質／DNA相互作用の測定が可能となっております。
  • 各プロモーター領域について10 kbという広範な領域がカバーされており、極めて包括的なプロモーター解析を確実に行えます。
  • 25 merのプローブによって極めて特異的なハイブリダイゼーション結果が得られます。
  • 経済的に使用できるよう、1枚のアレイにデザインされています。

GeneChip® Human Promoter　1.0R Arrayは、クロマチン免疫沈降（ChIP）法用にデザインされた製品です。このHuman Promoter Arrayでは、1枚のアレイ上に25,500以上のヒトプロモーター領域をカバーする460万以上のプローブが搭載されています。Human Promoter アレイのデザインに使われている配列は、NCBIヒトゲノムアセンブリ（Build34）から選択されたものです。なお、反復配列はRepeatMaskerによって取り除かれています。プロモーター領域は以下の配列情報を用いて選択されています：

  • 35,685個のENSEMBL遺伝子（バージョン21_34d, 2004年5月14日）
  • 25,172個のRefSeq mRNA（NCBI GenBank®、2004年2月7日）
  • 47,062個の完全長CDS mRNA（NCBI GenBank®、2003年12月15日）

各プローブは、隣接するオリゴ（25 mer）の中央の位置で測定して平均35 bpの分解能でタイリングされており、プローブ間には約10 bpのギャップが残されています。各プロモーター領域には、5'転写開始部位の約7.5 kb上流から約2.45 kb下流までをカバーしています。1,300以上の癌関連遺伝子については、さらに詳しいゲノム情報が得られるように、プロモーター領域のカバー範囲を広げてあります。これらの遺伝子に関しては、転写開始部位の10 kb上流から2.45 kb下流にまでカバー範囲が拡大されています。

本アレイでは、転写開始部位に近い領域を調べることが可能となっており、また、NCBIヒトゲノムアセンブリ（Build34）中のUCSCによってアノテートされたCpGアイランドの約59パーセントに対応するプローブが含まれています。Human Promoter 1.0R Arrayでは、全ゲノムChIPアレイセットであるGeneChip® Human Tiling 2.0R Array Set（製品番号900772）のプローブの一部が使用されています。

解析に必要な機器およびソフトウェア


詳細についてはdata sheet (7.52MB)をご参照ください。.

Part # Description Includes
900775 GeneChip® Human Promoter 1.0R Array 2 Arrays
900776 GeneChip® Human Promoter 1.0R Array 6 Arrays
900777 GeneChip® Human Promoter 1.0R Array 30 Arrays

Required Products

Part # Description Includes
00-0211 GeneChip® Scanner 3000 7G See Product Page

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Integrated Genome Browser (IGB) Available Via Download
Affymetrix Tiling Analysis Software (TAS) Available Via Download
900301 Control Oligo B2, 3nM Sufficient for 30 samples
900812 GeneChip® WT Double-Stranded DNA Terminal Labeling Kit Sufficient for 30 reactions