GeneChip® Human Gene 1.0 ST Array


 
Affymetrix GeneChip® Human Gene 1.0 ST Array

2009年8月より、新しいWTアッセイが始まりました>>

GeneChip® Human Gene 1.0 ST Array は、転写産物の全長をカバーするアフィメトリクス発現解析アレイファミリーに加わった最新の製品です。28,869個の各遺伝子は、その全長にわたって分布する約26個のプローブによりアレイ上に表現されていて、3'ベースの発現解析アレイデザインよりも、さらに正確な遺伝子発現像を調べることができます。アレイのフォーマットが小さいため、新規のマイクロアレイユーザーにとってはコストパフォーマンスの優れた発現プロファイリングソリューションとなります。

Gene 1.0 ST Arrayは、Whole Transcript （WT） Sense Target Labeling and Control Reagents, Fluidics, スキャニング装置、ならびに基本解析ソフトウェアなどを含む遺伝子発現解析用の完成されたソリューションの一部です。このアレイには、アノテーションの充実した遺伝子の最新コンテンツが含まれており、シンプルなワークフローを使って、データの解析を行えます。

Gene 1.0 ST Arrayは、Human Exon 1.0 ST Arrayのプローブの一部を利用しており、十分なアノテーションの付されたコンテンツのみをカバーしています。Exon 1.0 ST Arrayと同様に、「遺伝子レベル」の解析では、異なるエクソンに対応する複数のプローブのデータが、同一の遺伝子からの全転写産物に対する発現値へとまとめられます。


アレイフォーマット 169
プローブセルサイズ 5 µm
プローブの総数 764,885
オリゴヌクレオチドプローブの長さ 25-mer probes
アレイにハイブリダイズする標識ターゲットに必要な方向性 Sense
Ensemblによりサポートされている遺伝子レベルのプローブセット 28,132
推定される完全長転写産物（GenBankおよびRefSeq）によりサポートされている遺伝子レベルのプローブセット 19,734

さらなる情報

Gene 1.0 ST Array による発現解析の詳細はこちら

全遺伝子を包括的にカバー

Human Gene 1.0 ST Arrayは764,885個の異なるプローブを備えており、十分にアノテーションの付された28,869個の遺伝子を調べることが可能です。Human Gene 1.0 ST Arrayのデザインは、RefSeqとEnsemblならびに推定される完全CDS GenBank転写産物を包括的にカバーした2006年3月（UCSC hg18､NCBI Build 36）のヒトゲノム配列アセンブリに基づくものです。Human Gene 1.0 ST ArrayはRefSeqデータベース中に存在する配列の99パーセント以上をカバーしています。

Gene 1.0 ST Arrayはパーフェクトマッチ（PM）のみのデザインとなっており、センス鎖のターゲットにハイブリダイズするプローブを備えています。バックグラウンドは約20,000の汎用バックグラウンドプローブ群を使って推定されています。また、実験プロセスの全工程にわたって簡便なトラブルシューティングを行えるよう、標準的なPoly－Aコントロールとハイブリダイゼーションコントロールもアレイ上に配置されています。

Gene 1.0 ST Arrayは、Exon 1.0 ST Arrayのプローブの一部を利用しており、十分なアノテーションの付されたコンテンツのみをカバーしています。「遺伝子レベル」の解析ではExon 1.0 ST Arrayと同様に、異なるエクソンに対応する複数のプローブのデータが、同一の遺伝子からの全転写産物に対する累積発現値へとまとめられます。

性能

Human Gene 1.0 ST Arrayは、Human Genome U133 Plus 2.0のような従来の3'ベースの発現解析アレイやExon 1.0 ST Arrayに匹敵する遺伝子レベルの性能を発揮することが、これらのプラットフォームに共通の遺伝子において示されています（図を参照）。心臓と脳の組織を混合した研究とLatin Square スパイクイン実験では、高い感度と再現性が例証されました。これらの実験に関するさらに詳しい情報については、Human Gene 1.0 ST Array Performanceのホワイトペーパーをご参照ください。

Latin Square spike-in experiments
Latin Square spike
Latin Square spike-in experiments

Latin Squareスパイクイン実験の結果によると、Human Gene 1.0 ArrayはHg-U133やExon 1.0 ST Arrayに匹敵する性能を有しています。各アレイについて、異なる濃度（x軸）で複数の比較を行いました。スパイクなしの3チップとx軸に示した濃度の3チップの間でt-統計量を計算し、これから、検出されたスパイクの割合（0.01の経験的偽陽性率）を決定しました（y軸）。詳細はHuman Gene 1.0 ST Array Performanceのホワイトペーパーをご覧ください。

FAQs

Gene 1.0 ST Array

Manuals

Whole Transcript (WT) Sense Target Labeling Assay (pdf, 1.18 MB)

Quick Reference Cards

QC Metrics for Exon and Gene Design Expression Arrays (pdf, 123 KB)

Sample Data

Gene 1.0 ST Array Data Set

Array Comparisons

Comparison Spreadsheets User's Guide (pdf, 82 KB)

HG-U133 Plus to Human Gene 1.0 ST, Best Match (zip, 651 KB)

HG-U133 Plus to Human Gene 1.0 ST, Complex Match (zip, 2.7 MB)

HG-U133 Plus to Human Gene 1.0 ST, Good Match (zip, 658 KB)

HG-U133 Plus to Human Gene 1.0 ST, No Match (zip, 38 KB)

Human Exon 1.0 ST to Human Gene 1.0 ST, Best Match (zip, 485 KB)

Human Exon 1.0 ST to Human Gene 1.0 ST, Complex Match (zip, 29 MB)

Human Exon 1.0 ST to Human Gene 1.0 ST, Good Match (zip, 521 KB)

Human Exon 1.0 ST to Human Gene 1.0 ST, No Match (zip 500 B)

Library Files

Human Gene 1.0 ST Array, Analysis (zip, 18 MB)

Human Gene 1.0 ST Array, GCOS (2.18 MB)

Probe BED File

Unsupported Human Gene 1.0 ST Array CDF Files (zip, 13 MB)

Note: Unsupported CDF files are provided for the Human Exon 1.0 ST Array. The corresponding supported files are the PGF and CLF files in the ExACT library file set.

Package Inserts

Human Gene 1.0 ST Array (pdf, 160 KB)

Alignment, Annotation, and Sequence Files

Information about using Alignment, Annotation, and Sequence files

NetAffx Alignment Files

HuGene-1_0-st-v1 BED File (14 MB, 1/9/09)

Design Time Annotation Files

HuGene-1_0-st-v1 Design Time Annotations, Full, GFF Format (23 MB, 3/23/07)

Note: For gene level analysis you will need to download one of the probeset level annotation zip files (CSV) to get the meta-probeset lists. None of these files contain textual biological annotations such as gene name or GO annotations; textual biological information can be found in the NetAffx Transcript CSV file. The design time Probeset CSV file provides information about the probeset such as genome coordinate and supporting annotation types. This is a subset of information found in the NetAffx Probeset CSV file. The Probeset CSV file is also a subset of the Full GFF files which contain transcript cluster, exon cluster, probeset, and probe level annotations. The GFF files also contain information about the specific annotations supporting each of the probesets. For example, use the Full GFF files for pulling design time information into a local database. The Mappings TSV file contains mappings between other arrays and annotations.

Current NetAffx Annotation Files

HuGene-1_0-st-v1 Probeset Annotations, CSV Format, Release 30 (10 MB, 1/22/10)

HuGene-1_0-st-v1 Transcript Cluster Annotations, CSV, Release 30 (17 MB, 11/9/09)

Note: NetAffx annotation files are intended for use in automated analysis. Some are not compatible with all spreadsheet applications. Please use the NetAffx Analysis Center to limit download data to your probe sets of interest. Annotation CSV files for the exon arrays are split into a probe set-level annotation file and a transcript cluster-level annotation file; exon array CSV files are compatible with ExACT.

Sequence Files

HuGene-1_0-st-v1 Probe Sequences, FASTA format (25 MB, 2/23/10)

HuGene-1_0-st-v1 Probe Sequences, tabular format (21 MB, 2/23/10)

HuGene-1_0-st-v1 Sequence Files README (10 KB, 2/23/10)

HuGene-1_0-st-v1 Transcript Cluster Sequences, FASTA format (21 MB, 3/29/07)

Archived NetAffx Annotation Files

HuGene-1_0-st-v1 Probeset Annotations, CSV Format, Release 27 (8.3 MB, 2/12/09)

HuGene-1_0-st-v1 Probeset Annotations, CSV Format, Release 27 (8.3 MB, 2/18/09)

HuGene-1_0-st-v1 Probeset Annotations, CSV Format, Release 27 (8.3 MB, 1/16/09)

HuGene-1_0-st-v1 Probeset Annotations, CSV Format, Release 28 (8.8 MB, 3/11/09)

HuGene-1_0-st-v1 Probeset Annotations, CSV Format, Release 29 (9.6 MB, 7/6/09)

HuGene-1_0-st-v1 Probeset Annotations, CSV Format, Release 30 (10 MB, 11/9/09)

HuGene-1_0-st-v1 Transcript Cluster Annotations, CSV, Release 22 (11 MB, 6/11/07)

HuGene-1_0-st-v1 Transcript Cluster Annotations, CSV, Release 23 (11 MB, 9/17/07)

HuGene-1_0-st-v1 Transcript Cluster Annotations, CSV, Release 24 (8.3 MB, 11/12/07)

HuGene-1_0-st-v1 Transcript Cluster Annotations, CSV, Release 25 (8.7 MB, 3/20/08)

HuGene-1_0-st-v1 Transcript Cluster Annotations, CSV, Release 26 (11 MB, 7/17/08)

HuGene-1_0-st-v1 Transcript Cluster Annotations, CSV, Release 27 (10 MB, 11/24/08)

HuGene-1_0-st-v1 Transcript Cluster Annotations, CSV, Release 28 (12 MB, 3/11/09)

HuGene-1_0-st-v1 Transcript Cluster Annotations, CSV, Release 29 (14 MB, 7/6/09)

Archived Sequence Files

HuGene-1_0-st-v1 Probe Sequences, FASTA format (22 MB, 3/29/07)

HuGene-1_0-st-v1 Probe Sequences, FASTA format (25 MB, 7/13/07)

HuGene-1_0-st-v1 Probe Sequences, FASTA format (25 MB, 2/23/10)

HuGene-1_0-st-v1 Probe Sequences, tabular format (21 MB, 3/29/07)

HuGene-1_0-st-v1 Probe Sequences, tabular format (20 MB, 7/13/07)

HuGene-1_0-st-v1 Probe Sequences, tabular format (21 MB, 2/23/10)

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GeneChip® Human Gene 1.0 ST Array

Part # Description Includes
901085 GeneChip® Human Gene 1.0 ST Array Contains 2 Arrays
901086 GeneChip® Human Gene 1.0 ST Array Contains 6 Arrays
901087 GeneChip® Human Gene 1.0 ST Array Contains 30 Arrays

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