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GeneChip^® HT Rat Focus Array Plate

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HT Array Plate

GeneChip® HT Rat Focus Array Plateは、一度に最大96のラットサンプルの全ゲノム発現解析が可能で、大規模研究を行うことができます。各プレートには24または96のHT Rat Focus Arrayがあり、Rat Genome 230 2.0 Arrayにある16,000の既知遺伝子について、遺伝子発現レベルを測定します。HT Rat Focus Arrayのプローブセットは、Rat Genome 230 2.0 Arrayのサブセットとなります。

複数アレイプレートによる高スループットと自動処理により、次のようにコスト効率が向上し、大規模なラット研究を促進することができます。

解析の労力コスト削減と時間短縮
研究所内や複数の研究所間での標準化が向上
複数のマイクロアレイを並行進行する管理が簡単

Rat Focus HT Array Plateを使用することによって、毒物学や神経生物学などの研究分野で、ラットをモデル生物として用いる大規模研究の遺伝子発現データを得ることができます。

最大96のラットサンプルを一度に解析
各サンプルについて16,000以上のラット既知遺伝子の遺伝子発現を測定
アレイ当たり24,000を超えるプローブセットで、各転写産物について、独立した複数の測定することにより、正確で再現性の高いデータが得られます。

アレイプレートデザイン

各アレイプレートは最大96の個別マイクロアレイを付属させることができます。このプレートは通常の96ウェルプレートフォーマットでリキットハンドリング装置が使用できる空間設計になっています。この仕様は大規模研究のニーズに対応した設計で、複数のマイクロアレイを並行進行する際の管理を大幅に簡略化し、労力コストが削減でき、研究所内や複数の研究所間での標準化を向上させることができます。各プレートについて、次の2つのプレート仕様が提供されています。

24アレイプレート – 24HT Rat Focus Arrayは、24アレイがプレート1枚に配置され、同時処理・解析ができます。
96アレイプレート – 96HT Rat Focus Arrayは、96アレイがプレート1枚に配置され、同時処理・解析ができます。

コンテンツプロフィール

GeneChip® HT Rat Focus Array Plateのプローブセットは、カートリッジフォーマットRat Genome 230 2.0 Arrayのサブセットとなります。 Rat Focus Array Plateでは、最も特徴がある遺伝子のプローブセットが優先されます。このプローブは様々な基準で選択されています。例えば、アノテーション済みの全長mRNA、EnsGene予想mRNA、UniGeneクラスター（少なくとも全長mRNA、またはラットゲノムにおけるヒトあるいはマウスの全長mRNAシンテニック配列）のプローブターゲットシークエンスがオーバーラップしていることなどがあります。

各配列を補うオリゴヌクレオチドプローブは、アレイ上でin situ合成されます。カートリッジフォーマットアレイと同様、GeneChip® Rat Focus HT Array Plateの各配列の転写レベルの測定には、11組のオリゴヌクレオチドプローブが使用されます。

Data Sheets

HT Array Replacement Guideline (pdf, 179 KB)

Rat Genome 230 2.0 Arrays and HT Rat Focus Array Plates (pdf, 1.0 MB)

White Papers

HT and Cartridge IVT Expression Arrays (pdf, 601 KB)

Performance Evaluation of the GeneChip® HT Array Plate Scanner (pdf, 1.96MB)

GeneChip^® HT Rat Focus Array Plates

Part #	Description	Includes
900975	GeneChip® HT Rat Focus 24-Array Plate	Contains 4 HT Rat Focus 24-Array Plates
900974	GeneChip® HT Rat Focus 96-Array Plate	Contains 1 HT Rat Focus 96-Array Plate

GeneChip^® HT Rat Focus Array Plates with Reagents

Part #	Description	Includes
900977	GeneChip® HT Rat Focus 24-Array Plate with Reagents*	Contains 4 HT Rat Focus 24-Array Plates Contains 1 HT One-Cycle Target Labeling and Controls Kit, 96 Reactions

GeneChip^® HT Rat Focus 96-Array Plate with Reagents*

Part #	Description	Includes
900976	GeneChip® HT Rat Focus 96-Array Plate with Reagents*	Contains 1 HT Rat Focus 96-Array Plate Contains 1 HT One-Cycle Target Labeling and Controls Kit, 96 Reactions
	* All trays necessary for array plate processing are included with HT Plates listed above.

Required Products

Part #	Description	Includes
900686	GeneChip® HT One-Cycle Target Labeling and Controls Kit	Sufficient for 96 reactions
00-0162 00-0235	GeneChip® Array Station	See Product Page
00-0332	GeneChip® HT Array Plate Scanner	See Product Page
	GeneChip® HT Software Suite	Composed of: GeneChip® Operating Software (GCOS) v1.2 or higher HT Image Reader HT Data Transfer Tool

Related Products

Part #	Description	Includes
	Assays and Reagents	See Product Page

FAQs

Gene Expression Arrays

Manuals

Expression Analysis Technical Manual For HT Array Plates Using the GeneChip® Array Station (pdf, 7.4 MB)

Probe Set Data in MAGE-ML Format

Library Files

AGCC 3.x HT Rat-Focus Library Files (zip, 11.9 MB)

HT Rat-Focus Array (zip, 14 MB)

Alignment, Annotation, and Sequence Files

Information about using Alignment, Annotation, and Sequence files

Current NetAffx Annotation Files

HT_Rat-Focus Annotations, CSV format, Release 32 (8.2 MB, 6/9/11)

HT_Rat-Focus Annotations, MAGE-ML XML Format, Release 32 (37 MB, 6/9/11)

HT_Rat-Focus BLASTP annotations, CSV Format, Release 31 (56 KB, 8/11/10)

HT_Rat-Focus Orthologs/Homologs, CSV Format, Release 32 (5.8 MB, 6/9/11)

Note: NetAffx annotation files are intended for use in automated analysis. Some are not compatible with all spreadsheet applications. Please use the NetAffx Analysis Center to limit download data to your probe sets of interest. Annotation CSV files for the exon arrays are split into a probe set-level annotation file and a transcript cluster-level annotation file; exon array CSV files are compatible with ExACT.