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GeneChip^® HT HG-U133+ PM Array Plate

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HT Array Plate

業界標準により証明された性能

GeneChip® HT HG-U133+ PM Array Plate は、業界標準のGeneChip® Human Genome U133 Plus 2.0 Array*と同じコンテントを利用して、一度に16,24または96サンプルのハイスループット発現プロファイリングを可能にしています。

HT HG-U133+ PM Array Plate を利用すれば

サンプルごとに既知の33,000を超える遺伝子やUniGeneクラスターを含む47,000以上の転写物とバリアントの遺伝子発現を測定できます。
それぞれの転写物について、独立した複数の測定データを用いて、正確で再現性のあるデータを得ることができます。

図 2

図１：MAQC AとBサンプルを使用したHT HG-U133+PM Array PlateとHG-U133A Array Plate （22,277の共通プローブセット）でのホールドチェンジ相関図

図 1

主な特長

平行処理により高い生産性と効率化を実現
- 単一アレイプレートでの16,24または96サンプル処理
カートリッジタイプのHuman Genome U133 Plus 2.0 Array に匹敵する業界最高の性能とコンテント
- 従来のプレートおよびカートリッジデザインと高い相関性を持つシグナルとfold change
転写物ごとに、独立した複数の測定データにより結果の高信頼性を実現
- 単一プローブ測定に比べより多くの配列を解析
便利なパッケージ
- 個別に入手可能な16,24 および96アレイプレート
- 全てのプロセッシングトレーが同梱

コンテンツプロフィール

アレイのデザインに用いた配列は、GenBank®, dbEST および RefSeq から選択したものです。大部分の配列クラスターは、UniGene データベース (Build 133,2001年4月20日) から作成されたもので、Washington University EST トレースレポジトリーやUniversity of California, Santa Cruz Golden-Path ヒトゲノムデータベース（2001年4月リリース）を含むその他一連の公開データベースを解析・比較して完成度を上げています。

追加された配列クラスターのセットは、UniGene Build 159 (2003年1月25日) から作成されたものであり、Washington University EST トレースレポジトリーやNCBIヒトゲノムアセンブリ（Build 31)を含むその他一連の公開データベースや解析・比較して完成度を上げています。配列については、その数字の正しい方向性、プログラミングの誤り、クラスタリングの誤り、選択的スプライシングや複数のポリアデニル化の可能性について更に解析が追加されています。

* GeneChip HT HG-U133+ PM Array Plate には、次の2点のデザイン変更が加えられています。

カートリッジデザインでは、パーフェクトマッチ（PM）プローブのみを残し、ミスマッチ（MM）プローブは取り除かれました。
経験則に基づき、最高の性能を示すプローブを選び出し、PMプローブの数を減らしました。
- 42,461 のプローブセットについては、プローブの数を11から9に減らしました。
- 6つのプローブセットについては、プローブの数を11から10に減らしました。

Data Sheets

HT Array Replacement Guideline (pdf, 179 KB)

HT PM Array Plate System for Human, Mouse, and Rat (pdf, 448 KB)

Technical Notes

Performance and Validation of GeneChip® HT Human, Mouse and Rat PM Array Plates (pdf, 678 KB)

White Papers

HT and Cartridge IVT Expression Arrays (pdf, 601 KB)

Part #	Description	Includes
901443	GeneChip® HT HG-U133+ PM 16-Array Plate	Contains 1 16-array plate and necessary hybridization, wash and scan trays.
901261	GeneChip® HT HG-U133+ PM 24-Array Plate	Contains 1 24-array plate and necessary hybridization, wash and scan trays.
901262	GeneChip® HT HG-U133+ PM 96-Array Plate	Contains 1 96-array plate and necessary hybridization, wash and scan trays.

FAQs

HT PM Plate Arrays

Manuals

Expression Analysis Technical Manual For HT Array Plates Using the GeneChip® Array Station (pdf, 7.4 MB)

Quick Reference Cards

QC Metrics for Human, Mouse and Rat HT PM Array Plates (pdf, 111 KB)

Sample Data

Human Tissue Panel (zip, 216 MB)

Library Files

AGCC 3.x HT HG-U133PM Plus and HG-U133 Array Strip Library Files (zip, 13.9 MB)

HT_HG-U133_Plus_PM Expression Console ™ Software Report Controls File Note: This file corrects an error associated with tracking

Package Inserts

HT HG-U133+ PM Array Plate (pdf, 671 KB)

Alignment, Annotation, and Sequence Files

Information about using Alignment, Annotation, and Sequence files

Current NetAffx Annotation Files

HT_HG-U133_Plus_PM Annotations, CSV format, Release 32 (22 MB, 6/9/11)

HT_HG-U133_Plus_PM Annotations, MAGE-ML XML Format, Release 32 (73 MB, 6/9/11)

HT_HG-U133_Plus_PM BLASTP annotations, CSV Format, Release 32 (9.8 KB, 6/9/11)

Note: NetAffx annotation files are intended for use in automated analysis. Some are not compatible with all spreadsheet applications. Please use the NetAffx Analysis Center to limit download data to your probe sets of interest. Annotation CSV files for the exon arrays are split into a probe set-level annotation file and a transcript cluster-level annotation file; exon array CSV files are compatible with ExACT.