Genome-Wide Human SNP Array 6.0


Pure Power and Performance/ 優れた解析力と性能

新しいAffymetrix® Genome-Wide Human SNP Array 6.0は、一塩基多型（SNP）906,600以上とコピー数多型を検出するためのプローブ946,000以上を含む、180万以上の遺伝子マーカーを調べることができます。SNP Array 6.0は、コピー数解析と関連解析を結びつけることができる唯一のプラットフォームで、高解像度のリファレンスマップや、Broad Instituteで開発されたcopy number polymorphism(CNP) コールアルゴリズムとともに提供されます。業界最先端の性能を備え、1枚のアレイで解析できる遺伝的変異が他製品よりも多いことにより、最高レベルのパネル解析能力を実現しており、ゲノムの物理的カバー率も最大です。

コストパフォーマンスに優れるSNP Array 6.0は、初期のスキャニングや確認実験の段階で、より多くのサンプル数でのアソシエーション研究のデザインを可能にします。したがって、研究全体での遺伝的解析力が著しく増大します。

New! コピー数とLOH解析ツールGenotyping Console

New! アフィメトリクス サイトジェネティクス ソリューション

New! Automation Solution

906,600以上のSNP

  • 482,000のSNPを偏りなく選択、SNP Array 5.0から受け継がれたSNP
  • 424,000追加SNPの選択
    • タグSNP
    • X、Y染色体からのSNP
    • ミトコンドリアSNP
    • dbSNPデータベースに追加された新しいSNP
    • 組換え多発部位のSNP

946,000以上のコピー数プローブ

  • Tronto Database of Genomic VariantsからのCNV領域5,677ヵ所をターゲットとする202,000のプローブ
  • ゲノム全体に均等に配置された744,000のプローブ
  • 一般的なSNP/コピー数解析プラットフォームに比べ、約10倍のコピー数変化を検出可能
  • Non-polymorphic プローブを搭載した唯一のプラットフォーム　– CNPのカバーは約３倍
  • GTC3.0では、新たに、高解像度のリファレンスマップや、Broad Instituteで開発されたcopy number polymorphism(CNP) コールアルゴリズムを提供

さらなる詳細はこちらをご覧ください

Learn About Affymetrix' Control Cohort Initiative
New Software Tools for Copy Number and LOH Analysis

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FAQs

Genome-Wide Human SNP Array 6.0

Manuals

Affymetrix® Human SNP Assay 6.0 User Guide for Automated Target Preparation (pdf, 2.62 MB)

Cytogenetics Copy Number Assay User Guide (pdf, 2.6 MB)

Genome-Wide Human SNP Nsp/Sty 6.0 User Guide (pdf, 2.97 MB)

Probe Set Data in MAGE-ML Format

Quick Reference Cards

Affymetrix® Human SNP Assay 6.0 Automated Target Preparation (pdf, 496 KB)

SNP 6.0 Protocol for 48 Samples (pdf, 458 KB)

SNP 6.0 Protocol for 96 Samples (pdf, 512 KB)

Sample Data

Genome-Wide Human SNP Array 6.0 Sample Data Set

Material Safety Data Sheets

Genome-Wide SNP 5.0/6.0 Assay Kits, without Reference DNA (zip, 292 KB)

Genome-Wide Human SNP 5.0/6.0 Assay Kits, with Reference DNA (zip, 333 KB)

Library Files

Genome-Wide Human SNP Array 6.0 (zip, 246 MB)

Package Inserts

Genome-Wide Human SNP Array 6.0 (pdf, 102 KB)

Genome-Wide Human SNP Nsp/Sty Assay Kit 5.0/6.0 (pdf, 76 KB)

Alignment, Annotation, and Sequence Files

Information about using Alignment, Annotation, and Sequence files

NetAffx Alignment Files

GenomeWideSNP_6 BED File (25 MB, 11/28/07)

Current NetAffx Annotation Files

GenomeWideSNP_6 Annotations, CSV format, Release 30 (283 MB, 11/15/09)

GenomeWideSNP_6 Annotations, SQLite Format, Release 30 (471 MB, 11/15/09)

GenomeWideSNP_6 CN Annotations, CSV format, Release 30 (63 MB, 11/15/09)

GenomeWideSNP_6 Copy Number Analysis HapMap Reference, Release 30 (164 MB, 11/19/09)

Note: NetAffx annotation files are intended for use in automated analysis. Some are not compatible with all spreadsheet applications. Please use the NetAffx Analysis Center to limit download data to your probe sets of interest. Annotation CSV files for the exon arrays are split into a probe set-level annotation file and a transcript cluster-level annotation file; exon array CSV files are compatible with ExACT.

Sequence Files

GenomeWideSNP_6 CN Probe Sequences, tabular format (31 MB, 5/25/07)

GenomeWideSNP_6 Flanking Sequences, FASTA format (12 MB, 5/25/07)

GenomeWideSNP_6 Probe Sequences, tabular format (48 MB, 5/25/07)

Archived NetAffx Annotation Files

GenomeWideSNP_6 Annotations, CSV format, Release 22 (292 MB, 5/25/07)

GenomeWideSNP_6 Annotations, CSV format, Release 23 (291 MB, 7/18/07)

GenomeWideSNP_6 Annotations, CSV format, Release 24 (260 MB, 11/28/07)

GenomeWideSNP_6 Annotations, CSV format, Release 25 (301 MB, 4/29/08)

GenomeWideSNP_6 Annotations, CSV format, Release 26 (301 MB, 10/3/08)

GenomeWideSNP_6 Annotations, CSV format, Release 26 (306 MB, 7/9/08)

GenomeWideSNP_6 Annotations, CSV format, Release 27 (280 MB, 3/25/09)

GenomeWideSNP_6 Annotations, CSV format, Release 28 (281 MB, 3/16/09)

GenomeWideSNP_6 Annotations, CSV format, Release 29 (247 MB, 9/18/09)

GenomeWideSNP_6 Annotations, SQLite Format, Release 24 (405 MB, 10/13/09)

GenomeWideSNP_6 Annotations, SQLite Format, Release 25 (461 MB, 10/13/09)

GenomeWideSNP_6 Annotations, SQLite Format, Release 26.1 (487 MB, 10/13/09)

GenomeWideSNP_6 Annotations, SQLite Format, Release 27 (465 MB, 10/13/09)

GenomeWideSNP_6 Annotations, SQLite Format, Release 28 (466 MB, 10/13/09)

GenomeWideSNP_6 Annotations, SQLite Format, Release 29 (418 MB, 10/13/09)

GenomeWideSNP_6 CN Annotations, CSV format, Release 22 (24 MB, 5/25/07)

GenomeWideSNP_6 CN Annotations, CSV format, Release 23 (48 MB, 7/18/07)

GenomeWideSNP_6 CN Annotations, CSV format, Release 24 (49 MB, 11/28/07)

GenomeWideSNP_6 CN Annotations, CSV format, Release 25 (53 MB, 4/29/08)

GenomeWideSNP_6 CN Annotations, CSV format, Release 26 (56 MB, 3/19/09)

GenomeWideSNP_6 CN Annotations, CSV format, Release 26 (53 MB, 7/9/08)

GenomeWideSNP_6 CN Annotations, CSV format, Release 27 (56 MB, 12/1/08)

GenomeWideSNP_6 CN Annotations, CSV format, Release 28 (56 MB, 3/6/09)

GenomeWideSNP_6 CN Annotations, CSV format, Release 29 (53 MB, 9/18/09)

GenomeWideSNP_6 Copy Number Analysis HapMap Reference (149 MB, 6/2/08)

GenomeWideSNP_6 Copy Number Analysis HapMap Reference (149 MB, 10/13/08)

GenomeWideSNP_6 Copy Number Analysis HapMap Reference (149 MB, 7/14/08)

GenomeWideSNP_6 Copy Number Analysis HapMap Reference (149 MB, 12/4/08)

GenomeWideSNP_6 Copy Number Analysis HapMap Reference (149 MB, 3/17/09)

GenomeWideSNP_6 Copy Number Analysis HapMap Reference (146 MB, 7/23/09)

Additional Support

Fluidics Scripts

Literature and Resource Guide for the Genome-Wide SNP Array 6.0 (pdf, 71 KB)

ReadMe, Genome-Wide Human SNP Array 6.0 Sample Data Set

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Part # Description Includes
901182 Affymetrix® Genome-Wide Human SNP Array 6.0 Contains 5 arrays
901153 Affymetrix® Genome-Wide Human SNP Array 6.0 Contains 50 arrays
901150 Affymetrix® Genome-Wide Human SNP Array 6.0 Contains 100 arrays
901152 Affymetrix® Genome-Wide Human SNP Nsp/Sty Assay Kit 5.0/6.0 Sufficient for 50 reactions
901015 Affymetrix® Genome-Wide Human SNP Nsp/Sty Assay Kit 5.0/6.0 Sufficient for 100 reactions

Required Products

Part # Description Includes
GeneChip® Command Console® Software Available Via Download
Genotyping Console™ Software Available Via Download
00-0079 GeneChip® Fluidics Station 450
800138 GeneChip® Hybridization Oven 640
00-0211 GeneChip® Scanner 3000 7G

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