アフィメトリクスは、個人研究者やコンソーシアムと提携し、アフィメトリクスのゲノムワイドなアレイデータに対する、新たに公開のコントロールコホートデータベースを作成しています。 このデータベースには、さまざまな人種にわたる10,000以上のサンプルの遺伝子型が含まれ、さらに5,000～10,000のサンプルが今後1年間で追加される見込みです。 このコントロールデータベースにより、研究者たちは、自分の研究と類似の人種背景の中から、年齢や性別の合うコントロールを選択することができます。
|
表1： アフィメトリクスアレイを用いて進行中のコトロールデータプロジェクト
|
|||
|---|---|---|---|
|
研究者
|
研究機関
|
集団
|
サンプル数
|
|
Charles Sanders
|
Genetic Association Information Network (GAIN)
|
さまざまな人種系統の多様なサンプル
|
8,000
|
|
Peter Donnelly, et al.
|
Wellcome Trust Case Control Consortium (WTCCC)
|
複数の疾患にわたるプロジェクトの一環として収集された、イングランド、スコットランド、ウェールズのサンプル。1958年イギリス生まれコホートから1,500サンプル、イギリス血液サービスから1,500サンプル。
|
3,000
|
|
アフィメトリクス500Kコントロールコホート参加者
|
|||
|
Michael Krawczak,
Stefan Schreiber |
University of Kiel - NGFN
|
POPGEN – 北部ドイツ集団研究
|
500
|
|
Erich Wichmann
|
GSF – NGFN
|
KORA-gen – 南部ドイツ集団研究。 大きな集団研究のコントロールサブセット。30以上の研究でコントロールとして使用されている。
|
1,600
|
|
Peter Arner
|
Karolinska Institute
|
スウェーデン人女性
|
300
|
|
André Uitterlinden
|
Erasmus
|
ロッテルダム在住のオランダ人女性
|
500
|
ケースコントロールスタディーのリソース
図 1
正常コントロールサンプルの大量データは、研究にの解析力を増大させ、ケースコントロール関連研究のコストを削減できます。 また、自分の研究に類似の人種背景の中から年齢や性別の合ったコントロールを選び追加することができるため、遺伝的検出力を増大することができます。下の図は、仮説的な研究での検出力算出例を示したものです。コントロールの追加により遺伝子的検出力が増大していることがわかります。
さらに、研究者によっては症例の遺伝子型決定だけを行い、コントロールはデータベースを利用することによって、コストと労力を削減することができます。 このようなアプローチの有効性が、Wellcome Trust Case Control Consortiumによって最近示されました。これによると、イギリスにおける3,000の共通コントロールをコントロールデータベースとして使用し、8つの疾患ゲノムワイドスキャンを成功させています。
ヨーロッパ人集団における遺伝的多様性の決定
エラスムスMCのManfred Kaiserおよびキール大学のMichael Krawczakらが率いるヨーロッパの研究者たちが協力し、それぞれの持つデータを解析してヨーロッパのさまざまな遺伝的サブ集団を識別するのに使用できるマーカーを固定することに合意しました。これは、地球規模で集団の分類や混血を理解する第一歩です。
図 2
91人のヨーロッパ人男性サンプルで、FSTに基づいた、対のY-STRの多次元スケーリング解析。 表示されているのは最初の3次元で、これらを合わせると分散のうち96.4パーセントの分散を説明できます。サンプリングの位置は黒で示されています。色コードは任意の「レインボー」スケールで、黄色から緑、青を経てマゼンタまでのスケールで表現されています（Rower, et al., 2005）。
コントロールデータセットサンプルとしての適格性
コントロールデータベースに含めることが適したサンプルには、2つのタイプがあります。表現型に関して集団からのランダムな選択と、症例コントロール研究と関係のない個人です。例えば、パーキンソン病の関連研究で、500症例と500のコントロールの遺伝子型を決定する場合、500の疾患サンプルはコントロールデータベースには含めべきではありません。 最小のサンプル寄与数は200であり、次の基準を満たしている必要があります。
- 集団からの無作為抽出によって選ばれたサンプルであるか、表現型に関係なく選ばれたか、または症例コントロール研究と関係ない個人でなければならない。
- いかなる科学研究者に対しても、合法的な科学研究または商用研究目的での遺伝子型情報の公開には、適切な同意書と、IRB（施設内倫理委員会）の承認がなければならない。
- 研究者は各サンプルについて、性別と人種背景、年齢の情報を提供しなければならない。
データへのアクセス
NIH（国立衛生研究所/米国）のNCBI（国立バイオテクノロジー情報センター/米国）は最近、データへのアクセスに対する適切なインフォームドコンセントを確実にする手順を条件に、GAINイニシアティブやアフィメトリクスコントロールコホートプログラムなどのコントロールコホートデータベースを保管することに合意しました。このシステムにより、ユーザーはデータセットを選び、サンプルコレクションの所有者となることができます。 次に情報を提出することにより、患者の同意条件に合致する研究プロジェクトにデータが使用されることを示します。 承認後、NCBIから請求者に該当データへのアクセス権が与えられます。
コントロールデータベースへのデータ追加
アフィメトリクスおよびコンソーシアムの他のメンバーは、データベースのサンプル充実に積極的に取り組んでおり、ヨーロッパおよびアジアにおいても類似の複数の研究に利用できる遺伝子型データベースをサポートしています。
研究参加に関する追加情報
エラスムスメディカルセンター – アフィメトリクス イニシアティブ ロッテルダム スタディ
Principal Investigator: Prof. Dr. André G. Uitterlinden, Ph.D.
a.g.uitterlinden@erasmusmc.nl
集団/人種/地域
単独機関によるロッテルダム スタディの白人オランダ人女性500人のサンプル。7,983人の高齢者（オランダ・ロッテルダム地区のOmmoordに住む55歳以上）における慢性重篤疾患の決定因子を集団ベースで予測する研究。
コントロール/症例の背景情報
このサンプルは、QTL（量的形質遺伝子座）を同定するパイロット研究の実行を目的として、一般集団コホートから選択されています。 本質的な異質性を低減し、多くの量的形質遺伝子の性別特質を考慮する可能性を保持するために、この研究では女性だけを含めています。 さらに、これらの女性は追跡調査時のDNAサンプル、循環器・骨格・生化学的測定の有無に基づいて選択されています（ベースライン通院から0.33年後に平均6.5 SDの生存）。 追跡調査中に高血圧や糖尿病の投薬、血中脂肪低下薬、ホルモン置換療法を受けている参加者は、形質値に影響を与える可能性を考慮して、すべて除外されています。 さらに、残った女性の中で、心筋梗塞や脳卒中、癌、大腿骨頸部骨折の病歴や傾向がある者も除外されています。
DNAサンプル採取時点の参加者年齢
60～75歳の女性。
その他の臨床的情報
サンプルの他の臨床データは、他の研究者には公開されません。
サンプル数
最低アレイ1つのNspIまたはStyIで約490（両方のアレイで470）、BRLMMコールは95パーセント以上。
コントロールコホートデータが利用できるか
利用可能か： はい（アクセス料金が適用される場合あり）
サンプルは処理中か： いいえ（2007年4月完了）
データ請求や関連質問のための連絡先
Dr. Fernando Rivadeneira M.D., Ph.D.
f.rivadeneira@erasmusmc.nl
カロリンスカ研究所スタディ
代表研究者: Prof. Arner
集団/人種/地域
スカンジナビアの第二世代以上の白人で、スウェーデンに在住している者。
コントロール/症例の背景情報
肥満研究のコントロールコホートで、男性26人、女性139人。 地元の広告で募集。喫煙者と非喫煙者の両方を含む。 自己申告により、全員が健康である。
DNAサンプル採取時点の参加者年齢
46～79歳
サンプル数
165
コントロールコホートデータが利用できるか
利用可能か： はい
サンプルは処理中か： はい
データ請求や関連する質問のための連絡先
Ingrid Dahlman
Ingrid.dahlman@ki.se
GSF - NGFN
代表研究者: Dr. Erich Wichmann, MD., Ph.D.
wichmann@gsf.de
集団/人種/地域
ドイツ・アウクスブルク（ミュンヘン近郊）に住む白人。
コントロール/症例の背景
10年間の追跡調査を伴う一般集団の無作為抽出サンプル。
DNAサンプル採取時点の参加者年齢
35～84歳（最初の調査時は25～74歳）
その他の臨床的情報
人口統計学的情報、ライフスタイル、栄養、病歴（家族の病歴）、服用中の薬に関するアンケート情報。健康診断情報（身長、体重、血圧、ECG、心臓エコー）、血液、血清、血漿、尿、DNA、細胞株、各種検査パラメータ。
サンプル数
1,644
コントロールコホートデータが利用できるか
利用可能か： はい
サンプルは処理中か： はい
データ請求や関連する質問のための連絡先
Erich Wichmann
wichmann@gsf.de or gieger@gsf.de
POPGEN
代表研究者: Prof. Michael Krawczak, Prof. Stefan Schreiber
eberstein@popgen.de
集団/人種/地域
北部ドイツの白人500人
DNAサンプル採取時点の参加者年齢
50～75歳、5つの年齢グループに分割。男女比は50：50に調整
500Kコントロール症例の背景
集団ベースのコントロールで、人口登録所の協力により無作為抽出。
その他の臨床的情報
200種以上の臨床データが利用可能。 コントロールの遺伝発端者全員が医学研究に参加し、健康状態や生活状況など広範なアンケートに回答した。請求により詳細が利用可能。
サンプル数
500
コントロールコホートデータが利用できるか
利用可能か： はい（データ公開の正確な機構と時期は、ドイツのデータプライバシー法に準拠）。
サンプルは処理中か： はい
データ請求や関連する質問のための連絡先
Huberta von Eberstein, project manager POPGEN, University Hospital at Kiel
eberstein@popgen.de