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GeneChip® ENCODE 2.0R Array
GeneChip® ENCODE 2.0R Arrayは、ENCODEヒトパイロットDNA領域を研究するための最新の研究ツールです。
- 様々なアプリケーションに対応した用途の広いアレイ
- 分解能のひときわ高い7塩基対タイリングデザインが、きわめて詳細なゲノム像を提供
- 25-merのプローブが、現在得られる中で最も特異的なハイブリダイゼーションデータを生成
アレイプロフィール
ENCODEプロジェクト（Encyclopedia of DNA Elements）は、ヒトゲノム配列中の機能要素をすべて同定することを目的としたプロジェクトです。このENCODEプロジェクトについては、www.nhgri.nih.gov/10005107 に詳しく説明されています。GeneChip ENCODE 2.0 Arrayはゲノムの研究と発見のためのツールです。本製品は新規転写産物マッピング、クロマチン免疫沈降（ChIP）-チップアッセイ、およびメチル化研究に使用できます。
ENCODE 2.0 Arrayは、30MbのDNA、すなわちヒトゲノムの約1パーセントから成るENCODEパイロットDNA領域を研究するためにデザインされた第二世代のGeneChip® タイリングアレイです。ENCODE 2.0R Arrayではゲノムのコンテンツが更新されており、前世代のENCODE01 1.0Arrayよりも高いゲノム分解能が提供されています。ENCODE 2.0R Arrayのゲノムコンテンツは、NCBIヒトゲノムアセンブリ（Build35）から得られたものです。ENCODEパイロット DNAを調べるオリゴヌクレオチドプローブは、隣接する25-merオリゴの中央位置から測定して7塩基対の平均分解能でタイリングされており、約18塩基対が重複しています。なお、反復配列はRepeatMaskerによって取り除かれています。
ENCODE パイロット領域は、米国ヒトゲノム研究所（NHGRI) の委員会によって選択されたものであり、マイクロアレイを使ったさらなるENCODE研究指針としての役割を果たすことが期待されています。UCSCゲノムブラウザには、ENCODEコンテンツが含まれています（http://genome.ucsc.edu/ENCODE/regions.html)。 ENCODE 2.0 Array のコンテンツの半分はNHGRIの委員会によって手作業で選択され、残りの50パーセントはランダムに選択されたものです。手作業で選択された領域は、研究が進んでいる遺伝子やその他の既知の配列要素の存在、および他の生物種と比較しやすい配列データの存在に基づいて選択されました。合計14.82Mbの配列が手作業で選択されており、そこには500kbから2Mbの大きさのターゲットが14個含まれています。また、遺伝子やその他の機能要素の情報量が大きく異なるゲノム領域を適切にサンプリングするため、ランダムに選択されたコンテンツには遺伝子密度や非エクソン領域の保存の程度に基づき選択された500kbの領域が30個含まれています。
解析に必要な機器とソフトウェア
Archived Presentations
Scientific Forum, 1st European ChIP-on-chip
Webinar, Six-part ChIP-on-chip Symposia Series
Application Notes
| Part # | Description | Includes |
|---|---|---|
| 900937 | GeneChip® ENCODE 2.0R Array | Contains 6 Arrays |
Required Products
| Part # | Description | Includes |
|---|---|---|
| 00-0210 | GeneChip® Scanner 3000 7G | See Product Page |
| 690036 | GeneChip® Operating Software (GCOS) version 1.3 or higher | Initial annual license |
Related Products
| Part # | Description | Includes |
|---|---|---|
| 900301 | Control Oligo B2, 3nM | Sufficient for 30 samples |
| 900812 | GeneChip® WT Double-Stranded DNA Terminal Labeling Kit | Sufficient for 30 reactions |
| 900811 | GeneChip® WT Amplified Double-Stranded cDNA Synthesis Kit | Sufficient for 10 reactions |
| Affymetrix® Tiling Array Tools | Available Via Download | |
| Integrated Genome Browser (IGB) | Available Via Download |
