GeneChip® Barley Genome Array

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GeneChip® Barley Genome Arrayは、Affymetrix Made-to-Order Programで提供されるアレイです。Made-to-Order Programは、過去に共同研究によりカスタムアレイとしてデザインされたアレイや、すでにカタログ製品としての販売を終了した前世代のGeneChipアレイを購入できるプログラムです。GeneChip Made-to-Orderアレイの詳細およびご注文に関しては、こちらをご覧ください。

GeneChip Barley Genome Arrayは、アフィメトリクス社と国際オオムギコミュニティーのコラボレーションのもと、USDA-IFAFS Triticeae Improvement group (R. Wise, T. Close, G. Muehlbauer, R. Wing, and A. Kleinhofs)によりデザインされ、製造されたアレイです。コミュニティーにより、より正確なクラスタリングとアノテーション付けがされ、シークエンスクオリティーが顕著に改善されました。

GeneChip Barley Genome Arrayのデザインに採用されたシークエンスは、オオムギの研究を行っている諸機関が提出したESTのシークエンスから選択されており、NCBI/GenBankのユニークな（重複のない）データベースのシークエンスが選択されています。84の研究機関から報告されている約400,000個のオオムギのEST情報のうち、重複や方向性を確認した約350,000個に絞り込まれました。

厳しいCAP3クラスタリング（-p95, -d60, -f100, -h50）が施され、その結果53,030個の“unigenes”（26,634個のcontigと26,396個のsingleton）が確認されました。25,500個のcontigとsingletonはアレイデザインの3’末端に完全に合っていました（HarvEST Triticeae v0.95または以降のバージョンをご覧ください）。これには、NCBIのユニークな（重複のない）データベース由来の1,145個の既知オオムギ遺伝子（アレルを含む）がすべて含まれています。重複のないクローン化された遺伝子セットは、EST群の足場として役立ち、またGeneChipマイクロアレイ上に含まれる希少な遺伝子（例： Mla, Rar1, Sgt1, Rpg1）を見つけ出せるESTクラスターを統合したものです。強化されたTriticeae repeat element database (TREP)をもとに余分なものを取り除いた後、25,500のcontigとsingletonの模範セットが最初の検討用にアフィメトリクス社に提出されました。

オオムギアレイで可能性のあるアプリケーションとしては、麦芽製造特性、ペストやその他病害の対策、非生物ストレスに対する寛容性（非生物ストレストレランス）、栄養学的特徴、および生殖発生などが挙げられます。GeneChip Barley Genome Arrayは、2003年6月に完成しました。

Data Sheets

Made-to-Order Program (pdf, 144 KB)

Part #	Description	Includes
900515	GeneChip® Barley Genome Array	Contains 6 arrays

Related Products

Part #	Description	Includes
	Assays and Reagents

FAQs

Gene Expression Arrays

Manuals

3' IVT Express Kit User Manual (pdf, 1.17 MB)

Expression Analysis Technical Manual, with Specific Protocols for Use with the Hybridization, Wash, and Stain Kit (pdf, 1.70 MB)

HT 3' IVT Express Kit (pdf 8.41 MB)

Probe Set Data in MAGE-ML Format

Library Files

Barley Genome Array (zip, 12 MB)

Package Inserts

Barley Array (pdf, 112 KB)

Alignment, Annotation, and Sequence Files

Information about using Alignment, Annotation, and Sequence files

Current NetAffx Annotation Files

Barley1 Annotations, CSV format, Release 32 (1.2 MB, 6/9/11)

Barley1 Annotations, MAGE-ML XML Format, Release 32 (14 MB, 6/9/11)

Barley1 BLASTP annotations, CSV Format, Release 32 (2.0 KB, 6/9/11)

Note: NetAffx annotation files are intended for use in automated analysis. Some are not compatible with all spreadsheet applications. Please use the NetAffx Analysis Center to limit download data to your probe sets of interest. Annotation CSV files for the exon arrays are split into a probe set-level annotation file and a transcript cluster-level annotation file; exon array CSV files are compatible with ExACT.