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GeneChip^® Human Mapping 500K Array Set

図 1

GeneChip® Human Mapping 500K Array Setは、さまざまな集団において一貫して高いカバー率を提供します。 2つのアレイから成り、それぞれが平均250,000 SNP（Nspアレイでは約262,000、Styアレイでは238,000）のジェノタイピングが可能です。 Mapping 500K Array SetはGeneChip® Mapping 10K ArrayおよびMapping 100K Setと同じ、実績あるアッセイを採用しており、このアレイは3年足らずの間に120本以上の研究論文に用いられ有効性が実証されています。

2006年5月にMapping 500Kの一連のアップデートが行われました。

新しいジェノタイプコーリングアルゴリズムBRLMMを採用しました。これまでのMapping 500K Array Setのデータを再解析し、コールレートと精度を向上させることができます。
より迅速でより安定した96-ウェルプレート用プロトコールにより、大量サンプル処理が可能です。

Mapping 500K Array Setの特徴

異なる集団を広くカバー
カバーしているゲノム領域については図１をご覧ください。
全ゲノムアソシエーションスタディの参照データの利用
研究者グループによって1万以上のコントロールサンプルについてのデータベースが作成されており、Mapping　500K　Array Set　のデータを公開するコンソーシアムが計画されています。
遺伝子を発見する実証済みのアプローチ
Mapping アッセイに関する80以上の原著論文がございます。リストはこちらをご覧ください。
96ウェルプレート用のプロトコールを含む新しい実験マニュアルはこちらをご覧ください。
さまざまなDNAサンプル調製法との幅広い適合性
250ngのゲノムDNA
全ゲノム増幅したDNAにも適合
最高水準のスループット
一台のシステムで1週間に100のサンプルを処理できます。
AutoLoader付きのGeneChip®Scanner 3000についてはこちらをご覧ください。
データ解析と管理の画期的なソリューション
新しいジェノタイプコーリングアルゴリズム(BRLMM)についてはこちらをご覧ください。
GeneChip Genotyping Analysis　Software（GTYPE）による自動ジェノタイプコールとデータ管理についてはこちらをご覧ください。
さらなる解析のための、GeneChip-Compatibleな他社製のソフトウェアについてはこちらをご覧ください。

Whole Genome Sampling Assay で用いるクロンテック社のTitanium^TM DNA Amplification Kitの詳細はこちらをご覧ください。

解析に必要な機器およびソフトウェア

GeneChip® 500K Array Set の製品情報はこちら（日本語pdf, 2.65MB)をご覧ください。

Data Sheets

GeneChip® Human Mapping 500K Array Set (pdf, 192 KB)

Application Notes

Microarrays in Cancer Research (pdf, 423 KB)

White Papers

BRLMM Algorithm for Affymetrix Mapping Arrays (pdf, 278 KB)

Part #	Description	Includes
900767	GeneChip® Human Mapping 250K Nsp Array	Contains 5 Mapping 250K Nsp Arrays
900768	GeneChip® Human Mapping 250K Nsp Array	Contains 30 Mapping 250K Nsp Arrays
901189	GeneChip® Human Mapping 250K Nsp Array	Contains 100 Mapping 250K Nsp Arrays
900769	GeneChip® Human Mapping 250K Sty Array	Contains 5 Mapping 250K Sty Arrays
900770	GeneChip® Human Mapping 250K Sty Array	Contains 30 Mapping 250K Sty Arrays
901188	GeneChip® Human Mapping 250K Sty Array	Contains 100 Mapping 250K Sty Arrays
900766	GeneChip® Human Mapping 250K Nsp Assay Kit	Sufficient for 30 reactions
900753	GeneChip® Human Mapping 250K Nsp Assay Kit	Sufficient for 100 reactions
900765	GeneChip® Human Mapping 250K Sty Assay Kit	Sufficient for 30 reactions
900754	GeneChip® Human Mapping 250K Sty Assay Kit	Sufficient for 100 reactions

Required Products

Part #	Description	Includes
	Affymetrix® GeneChip® Command Console® Software	Available Via Download
	Affymetrix® Genotyping Console™ Software	Available Via Download
00-0079	GeneChip® Fluidics Station 400 or Fluidics Station 450/250
800138	GeneChip® Hybridization Oven
00-0186	GeneChip® Scanner 3000 with high-resolution scanning patch

Related Products

Part #	Description	Includes
901153	Genome-Wide Human SNP Array 6.0
901167	Genome-Wide Human SNP Array 5.0

FAQs

Human Mapping 500K Array Set

Manuals

Mapping 500K Assay Manual (pdf, 3.4 MB)

Probe Set Data in MAGE-ML Format

Quick Reference Cards

GeneChip® Mapping 500K Array Set (zip, .99 MB)

Sample Data

Mapping 500K HapMap Genotype Data Set

Mapping 500K Sample Data Set

Material Safety Data Sheets

Mapping 500K Array Set, Nsp Array (zip, 303 KB)

Mapping 500K Array Set, Sty Array (zip, 345 KB)

Library Files

Mapping 250K Nsp Array (zip, 43 MB)

Mapping 250K Sty Array (zip, 42 MB)

Package Inserts

Mapping 500K Array Set (pdf, 97 KB)

Mapping 500K Assay Kit (pdf, 83 KB)

Alignment, Annotation, and Sequence Files

Information about using Alignment, Annotation, and Sequence files

NetAffx Alignment Files

Mapping250K_Nsp BED File (3.9 MB, 11/28/07)

Mapping250K_Sty BED File (3.6 MB, 11/28/07)

Current NetAffx Annotation Files

Mapping250K_Nsp Annotations, CSV format, Release 30 (80 MB, 11/15/09)

Mapping250K_Sty Annotations, CSV format, Release 30 (73 MB, 11/15/09)

Mapping250K_Nsp Annotations, GTYPE Format, Release 21 (50 MB, 1/2/07)

Mapping250K_Sty Annotations, GTYPE Format, Release 21 (46 MB, 1/2/07)

Mapping250K_Nsp,Mapping250K_Sty Annotations, SQLite Format, Release 30 (197 MB, 11/15/09)

Mapping250K_Nsp GC Content Data, NCBI Build 36, TSV Format, Release 21 (3.8 MB, 1/2/07)

Mapping250K_Sty GC Content Data, NCBI Build 36, TSV Format, Release 21 (3.5 MB, 1/2/07)

Note: NetAffx annotation files are intended for use in automated analysis. Some are not compatible with all spreadsheet applications. Please use the NetAffx Analysis Center to limit download data to your probe sets of interest. Annotation CSV files for the exon arrays are split into a probe set-level annotation file and a transcript cluster-level annotation file; exon array CSV files are compatible with ExACT.