Expression Console^TM ソフトウェアは、3' Expression Array (例えばGeneChip® Human Genome U133 Plus 2.0 Array) とExon Array （例えばGeneChip Human Exon 1.0 ST Array）の両方で、プローブセットのサマライゼーションとCHPファイル作成をサポートします。Expression Console のワークフローでは、より一般的なプローブセットサマライゼーションアルゴリズムを選択することが可能です。提供されるアルゴリズムには、以下のようなものがあります。

• MAS5 Statistical Algorithm
• Probe Logarithmic Intensity Error Estimation （PLIER）
• Robust Multichip Analysis （RMA）

また、GeneChipデータのQC はこのワークフローの主要な要素であり、Exrpession Console^TM ソフトウェアが提供する各種の可視化・グラフ化ツールによって強化されています。

新規ユーザーや利便性を求めるユーザーのために、アフィメトリクスが各アレイタイプに合わせて設計した標準化されたアプローチにより、最小限の労力でCEL ファイルからCHP ファイルを作成できる、使いやすい解析ワークフローが提供されます。さらに、それぞれの実験研究のニーズに対応するため、バックグラウンド補正、ノーマライゼーション、サマライゼーションの方法を設定することも可能です。

ダウンロード情報とダウンロード方法：
Expression Console^TM ソフトウェア（zip、40MB）をダウンロードしてください。

※ ダウンロード時の注意点
Windows2000の場合は、ServicePack4, XPの場合はServicePack2が適用されている必要があります。ただし、XPにGCOSがすでにインストールされている場合、ServicePack2のFire Wallの設定を変更していただく必要があります。
ServicePack2のFire Wall設定変更方法 (pdf, 5MB)

Expression Console^TM と互換性のあるソフトウェアは以下のとおりです。

• Expression Console^TM は、GeneChip Command Console^TM （AGCC） ソフトウェアと主要なプローブセットサマライゼーションツールとして互換性があります。Expression Console^TM とAGCC ソフトウェアとの統合により、AGCC インターフェースで収集されたサンプル属性情報を、Expression Console^TM のStudy ウィンドウで確認したり、ユーザーの解析やQC解釈の指標にすることが可能です。 
• Expression Console^TM は、GeneChip Operating Software（GCOS）と互換性があり、別のプローブセットサマライゼーションの選択肢として、GCOS では現在対応していないさまざまな新しい解析とQCツールを提供します。（ただし、Expression Console でPLIER またはRMAサマライゼーションアルゴリズムのいずれかを用いて作成したCHPファイルは、GCOSデータベースではサポートされません。）

≪ご注意ください≫

Affymetrix® Expression Console^TM ソフトウェアは、発現解析結果の統計的フィルタリングや遺伝子リストの作成を目的とする二次的解析ソフトウェアに代わるものではありません。お客様の研究に関するGeneChipデータの下流解析の適切なソリューションを見つけるための製品一覧は、GeneChip-compatible^TM Software Solution カタログをご覧ください。

利点

• GCOSとAGCCの両方で出力されたCELファイルをサポートします。
• AGCCのファイルベースのデータ構造と統合できます。
• 新規ユーザーや利便性を求めるユーザーに対し、遺伝子レベルとエクソンレベル両方の解析についてワークフローが標準化されています。
• 遺伝子レベルの解析の設定を拡張したことで、解析をカスタマイズすることもできます。
• 個々のハイブリダイゼーションの成否を評価するためのQCツールを選択できます。
• ユーザー設定可能なQC基準に基づき、異常値を持つサンプルを特定できます。
• エクソン解析用の簡易GUIを提供します。
• ExACTを超える性能の向上により、必要な解析時間を大幅に短縮しています。

追加情報

• ExACTユーザーについては、Affymetrix® Expression Console^TM がそれに代わるアプリケーションとなります。
• さらに進んだ機能は、Affymetrix Power Tools （APT）でご利用いただけます。