Affymetrix GeneChip® Human Panel 1 10K cSNP Kitには、機能的変化をコードする、検証済み（ダブルヒット）の公開データベース中のSNPを持つ遺伝子のほとんどが含まれています。また、主要な薬剤標的遺伝子ファミリーの多くが、このアッセイパネルで解析できます。機能的SNP（アミノ酸置換を起こす）は疾患の原因となる可能性が高いことから、検証済みcSNPのパネルを使うことで、重要な相関を生物学的パスウェイや遺伝子機能と直接関連付けることができます。機能的SNPのアプローチにより、費用効果の高い方法で全ゲノムを解析できるようになります。
Affymetrix GeneChip® Mouse Mapping 5K SNP Kitは、20
種類の一般的なマウス系統とすべての交雑種について、約1,500個の有用なマーカーを利用できます。5K SNPパネルを使ったSNPベースのマウス連鎖マッピング解析法はマーカー密度が高く、マーカー間隔も改善されているため、従来のマイクロサテライト技術に比べて効率的です。
Affymetrix GeneChip Human Immune and Inflammation 9K SNP Kit には、1,000遺伝子の厳選された情報マーカーが含まれています。これらの遺伝子は、炎症反応に関与し、免疫生物学的遺伝に関連していると考えられます。
Affymetrix GeneChip® Human MALD 3K SNP Kitは、混合
マッピング解析または混合連鎖不均衡マッピング（MALD）用にデザインされています。このキットは、混合少数集団の病原遺伝子を特定する手段を提供します。たとえば、アフリカ人混血集団とヨーロッパ人混血集団の混成集団の間で発生率が異なる疾病の研究などに利用できます。
Affymetrix GeneChip® Bovine Mapping 10K SNP Kitは、単一アッセイでマルチプレックス処理された約1万SNPを含み、肉牛種と乳牛種を区別しないウシ遺伝子の連鎖マッピング解析を可能にします。ヘテロ接合体マーカーの平均数は3,300で、肉牛種と乳牛種で共通です（アンガス種、インド種、ヘレフォード種、ホルスタイン種、ジャージー種、ルモシン種）。
