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伝染病研究におけるDNAマイクロアレイの最も重要な貢献は、1回の実験での病原体と寄主両方の全ゲノム発現解析を可能にしたことでしょう。この解析法は包括的で仮説を必要とせず、科学者による疾患パスウェイの発見のみならず、より良い治療法の開発も支援しています。

Microarray Applications in Infectious Disease(PDF、252 KB)

ただし、1回のアレイ実験のデータをさまざまな種類の研究で利用するケースも多く見られます。データの有効活用により、実験を個別に行う必要がなくなります。たとえば、感染した寄主のGeneChip®発現データを使って毒性メカニズムを調べた後、このデータを病原体同定に利用し、寄主反応特有のシグネチャーを同定することができます。

疾病管理センター(CDC)や国立アレルギー・感染症研究所(NAID)などの研究機関では、SARSや天然痘などの伝染病病原の研究にGeneChip®アレイを利用しています。
科学者は、伝染病感受性を理解するための「感受性遺伝子」リシークエンシングとゲノムワイドのアソシエーションスタディにGeneChipアレイを使っています。

研究者は、「試験管」環境における病原微生物の全遺伝子(表面蛋白だけではない)の転写活性の研究にGeneChipアレイを利用し、低発現ながらも潜在的重要性を持つ遺伝子の同定を可能にしています。

GeneChipマイクロアレイは、従来区別できなかった菌株の分類と、リボソームDNA塩基配列を使った薬剤感受性に基づく病原体の分類に使われており、わずか10フェムトグラムの病原DNAという検出限界を実現しています。

GeneChipアレイは、薬剤耐性遺伝子の存在同定、薬剤耐性遺伝子と代謝遺伝子における個々の遺伝的多様性のカタログ化に加え、迅速でコスト効果の高い連鎖およびアソシエーションスタディと患者群の分類にも利用されています。

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