GeneChip Mouse Genome 430 2.0 Arrayには、GeneChip Mouse Expression Set 430に搭載されている全プローブセットが含まれています。これらのプローブセットの塩基配列は、GenBank®、dbEST、RefSeqから選択されました。配列クラスターは、UniGeneデータベース(Build 107、2002年6月)から作製し、公開されているWhitehead Institute Center for Genome Researchのマウスゲノムのドラフト配列(MSCG、2002年4月)との解析や比較を経て改良されています。