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GeneChip® B. subtilis Genome Arrayは、Affymetrix Made-to-Order Programで提供されるアレイです。Made-to-Order Programは、これまでに共同研究によりカスタムアレイとしてデザインされたアレイや、すでにカタログ製品としての販売を終了した前世代のGeneChipアレイを購入できるプログラムです。GeneChip Made-to-Orderアレイの詳細およびご注文に関しては、こちらをご覧ください。
GeneChip B. subtilis Genome Arrayは、1枚で、バクテリアB. subtilis由来のおよそ5,000遺伝子塩基配列のmRNA転写産物を相対的にモニタリングできるアレイです。
このアレイには、およそ4,350の転写産物と600の遺伝子間領域に対するプローブセットおよび45のコントロールプローブセットが含まれており、また、アレイにハイブリダイズするターゲットである、標識後の1st strand cDNAに相補的なプローブも含まれています。ハイブリダイゼーション用のサンプルを調製する際には、アフィメトリクス社が提供する実験プロトコール、E. coli Antisense Protocolのご利用をお奨めします
このアレイのデザインは、Genencor International社によるカスタムデザインとして1998年6月に完成し、2002年には広く利用されるようになりました。デザインに使われたESTのデータは、パスツール研究所のBacilus subtilis Genome Sequencing Projectが1997年12月にRelease 10.1として公開したデータに基づいています。プローブセットは、RefSeqのゲノム塩基配列、NC_000964に対して再度アノテーション付けされました。
詳細についてはdata sheet (英語pdf, 102KB)をご参照ください。
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