Affymetrix - Clinical Research and Trials


臨床研究者は、アフィメトリクスのGeneChip®システムを利用してRNAとDNAパターンの発見を高速化し、疾病の分類、作用機序の理解と、多くの疾病分野における治療に対する応答の予測に役立てています。
•		薬剤開発の分野では、各製薬会社が、アフィメトリクスのGeneChipプラットフォームを使うことによって標的同定の改善や、作用機序の理解向上、特定の薬剤に応答する患者サブセットの予測を行い、薬剤開発の確実性を向上させています。研究者は、このテクノロジーを利用して、後期臨床試験での効力が低い薬品を再検討する戦略を実施できます。
•		学術研究者は、組織または血液を使った遺伝子パターンの発見によって疾病、患者と標的の異質性の理解を深め、最終的に患者の生存率と生活の質を高めることができます。
•		GeneChipブランドのマイクロアレイの柔軟性と再現性によってさまざまなフォーマットが実現し、臨床有用性の高いRNA発現パターンの追跡と確認を可能にしています。
•		全ゲノムSNPマッピング、カスタムSNP解析とリシークエンシングのためのアフィメトリクスGeneChip DNA解析用製品も、新種の遺伝子バイオマーカーシグネチャーの発見に役立っています。

主な参考文献

多数の文献で、臨床研究におけるGeneChipテクノロジーの利用が紹介されています。ここでは、いくつかの治療分野における主な参考文献を紹介します。

腫瘍学

乳癌
Classification of Human Breast Cancer Using Gene Expression Profiling as a Component of the Survivor Predictor Algorithm Glinsky, G.V., et al.Clinical Cancer Research 10: 2272-2283 (2004)

骨髄性白血病
Prognostically Useful Gene-Expression Profiles in Acute Myeloid Leukemia.
Valk, P., et al.New England Journal of Medicine 350: 1617-1628 (2004)

Use of Gene-Expression Profiling to Identify Prognostic Subclasses in Adult Acute Myeloid Leukemia
Bullinger, L., et al.New England Journal of Medicine 350: 1605-1616 (2004)

胃腸癌
Gene Expression in Gastrointestinal Stromal Tumors is Distinguished by KIT genotype and anatomic site.Antonescu, C. R,. et al.Clinical Cancer Research 10: 3282-3290 (2004)

炎症

Interferon and Granulopoiesis Signatures in Systemic Lupus Erythematosus Blood.
Bennett, L., et al.Journal of Experimental Medicine 197: 711-723 (2003).

代謝疾患

Gene Expression profile in Skeletal Muscle of Type 2 Diabetes and the Effect of Insulin Treatment.
Sreekumar, R., et al.Diabetes 51: 1913-1920 (2002).

PGC-1Alpha- responsive genes involved in oxidative phosphorylation are coordinately downregulated in human diabetes.
Mootha, V.K., et al.Nature Genetics 34: 267-273 (2003).

移植

Kidney Transplant Rejection and Tissue Injury by Gene Profiling of Biopsies and Peripheral Blood Lymphocytes.Flechner, S. M., et al. American Journal of Transplantation on line version (2004)

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製品とアプリケーション

臨床研究と臨床試験アプリケーションの詳細

GeneChip Human Genome U133 Plus 2.0 Arrayを使ったヒトゲノムスキャンによる、発現レベル（促進または抑制）が臨床反応や有害事象と相関するパターンの同定。

GeneChip Human X3P Arrayはホルマリン固定パラフィン包埋（FFPE）サンプルの全ゲノム発現プロファイリングのためにデザインされており、GeneChip Made-to-Order Programで提供しています。

大規模な研究のバイオマーカーパターン検証には、コスト効果の高いGeneChip CustomExpress Arrayをご利用ください。HG-U133実験結果を追跡でき、同定済みのバイオマーカーサブセットの調査もシームレスに行えます。

全ゲノムのアソシエーションスタディには、この研究用の製品ファミリーの最初の製品であるGeneChip Mapping 100K Setが最適です。Mapping 100K Setは、癌遺伝学、連鎖不均衡の研究、家系ベースのアソシエーション研究と染色体コピー数変化の分析に利用できます。

アフィメトリクス社のGeneChip Mapping 10K 2.0 Arrayを使うことで、1回の実験で1万以上の遺伝子型を測定し、実験コストをマイクロサテライト解析並みに抑えることができます。このアレイを使った遺伝学アプリケーションには染色体の増幅、欠失、ジェノタイピングがあり、1サンプルにつき必要なゲノムDNAはわずか250 ngです。

標的異質性とこれが患者の薬剤応答に与える潜在的影響を理解するためには、塩基配列比較解析プロジェクトでCustomSeq® Resequencing Arrayをご利用ください。1回の実験で最大30 kbの二本鎖塩基配列を効率的で信頼性の高い方法でリシークエンシングできます。

参考資料

「Affymetrix Solutions for Cancer Analysis」（PDF、362 KB）では、癌アプリケーションにおけるGeneChip Mapping 10K 2.0 Array、Mapping 100K Set、Mitochondrial Resequencing ArrayとHuman X3P Arrayの使い方を説明しています。アプリケーションの例として、LOH（Loss of Heterozygosity）解析の染色体増幅、欠失、損失（PDF、376 KB）、ミトコンドリアDNAのリシークエンシングと、ホルマリン固定パラフィン包埋（FFPE）サンプルを含む全ゲノムアレイ遺伝子発現解析が挙げられます。

「Advances in Clinical Research with Affymetrix GeneChip RNA Expression and DNA Analysis Arrays」（PDF、1.8 MB）では、GeneChipマイクロアレイを使った主な臨床研究を紹介しています。この主要研究結果は白血病、炎症性疾患や糖尿病などの複数の治療分野に関連しており、遺伝子発現とDNA解析のためのGeneChipアレイの使用について説明しています。

アフィメトリクス社提携サービスプロバイダー

数社のアフィメトリクスサービスプロバイダーが米国食品医薬品局（FDA）のGood Laboratory Practice Standardsコンプライアンス監視プログラム認定を取得しています。

規制


アレイテクノロジーを臨床市場に完全対応させるためには、ベストプラクティス、標準管理、標準化された手段の確立が必要です。アフィメトリクスは、標準管理とベストプラクティス開発のためのコンソーシアムに参加しています。 FDAは、夏の終わりまでに「Guidance for Industry: Pharmacogeomics Data Submissions」というガイドラインを発行する予定です。このドキュメントの内容は、遺伝子データの自発的提出に関する情報提供に重点を置いたものとなる見込みです。詳細は追ってお知らせします。